DE69838553T2 - Verfahren zur diagnose, prognose und behandlung von glaukom und verwandten erkrankungen - Google Patents

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Description

  • GEBIET DER ERFINDUNG
  • Die vorliegende Erfindung betrifft die Gebiete der Diagnostiken und Prognose und betrifft in vitro-Verfahren und Reagenzien zum Diagnostizieren eines Glaukoms und verwandter Krankheiten.
  • HINTERGRUND DER ERFINDUNG
  • "Glaukome" sind eine Gruppe schwächender Augenkrankheiten, die der Hauptgrund vermeidbarer Blindheit in den USA und anderen entwickelten Nationen sind. Das primäre Weitwinkelglaukom ("Primary Open Angle Glaucoma, POAG") ist die am meisten häufige Form des Glaukoms. Die Krankheit ist durch die Änderung des Trabekelwerkes charakterisiert, was zu einer Behinderung der normalen Fähigkeit einer wässrigen Körperflüssigkeit führt, das Auge ohne Schließung des Zwischenraums (z. B. des "Winkels") zwischen Iris und Hornhaut zu verlassen, (siehe Vaughan, D. et al., In: General Ophthalmology, Appleton & Lange, Norwalk, CT, Seiten 213–230 (1992)). Ein Merkmal einer solchen Behinderung bei dieser Krankheit ist ein gesteigerter intraokularer Druck ("IOP"), was zu einem fortschreitenden visuellen Verlust und Blindheit führt, wenn es nicht in einer geeigneten und rechtzeitigen Art behandelt wird.
  • Es wird geschätzt, dass die Krankheit zwischen 0,4% und 3,3% aller Erwachsenen über 40 Jahren betrifft (Leske, M. C. et al., Amer. J. Epidermiol. 113: 1843–1846 (1986); Bengtsson, B., Br. J. Ophthalmol. 73: 483–487 (1989); Strong, N. P., Ophthal. Physiol. Opt. 12: 3–7 (1992)). Außerdem steigt die Prävalenz dieser Krankheit mit dem Alter auf über 6% bei denjeni gen, die 75 Jahre oder älter sind (Strong, N. P., Ophthal. Physiol. Opt. 12: 3–7 (1992)).
  • Eine Verknüpfung zwischen der IOP-Reaktion von Patienten auf Glukokortikoide und der Krankheit des POAG wurde lange vermutet. Während nur 5% der normalen Bevölkerung einen hohen IOP-Anstieg (16 mm Hg) auf topisches Glukokortikoidaustesten zeigen, zeigen mehr als 40 bis 50% der Patienten mit POAG diese Antwort. Zusätzlich kann ein Weitwinkelglaukom durch die Exposition mit Glukokortikoiden ausgelöst werden. Diese Beobachtung hat angedeutet, dass eine gesteigerte oder anormale Glukokortikoid-Antwort in trabekulären Zellen bei POAG beteiligt sein kann (Zhan, G. L. et al., Exper. Eye Res. 54: 211–218 (1992); Yun, A. J. et al., Invest. Ophthamol. Vis. Sci. 30: 2012–2022 (1989); Clark, A. F., Exper. Eye Res. 55: 265 (1992); Klemetti, A., Ada Ophthamol 68: 29–33 (1990); Knepper, P. A., US-Patent Nr. 4,617,299 ). Die Fähigkeit von Glukokortikoiden, einen Glaukoma-ähnlichen Zustand auszulösen, hat zu Anstrengungen geführt, Gene oder Genprodukte zu identifizieren, die von Zellen des Trabekelwerkes als Reaktion auf Glukokortikoide induziert werden (Polansky, J. R. et al., In: Glaucoma Update IV, Springer-Verlag, Berlin, Seiten 20–29 (1991)). Anfängliche Bemühungen unter Verwendung von Kurzzeitexposition mit Dexamethason zeigen nur Änderungen bei der spezifischen Proteinsynthese. Es wurde jedoch gefunden, dass eine erweiterte Exposition mit relativ hohen Niveaus an Dexamethason die Expression von verwandten 66 kD und 55 kD Proteinen induzierte, die durch Gelelektrophorese sichtbar gemacht werden konnten. Polansky, J. R. et al., In: Glaucoma Update IV, Springer-Verlag, Berlin, Seiten 20–29 (1991)). Die Induktionskinetiken dieser Proteine sowie ihrer Dosisantwortmerkmale waren ähnlich zu den Kinetiken, die für eine Steroid-induzierte IOP-Erhöhung in menschlichen Subjekten erforderlich war (Polansky, J. R. et al., In: Glaucoma Update IV, Springer-Verlag, Berlin, Seiten 20–29 (1991)). Probleme der Aggregation und der offensichtli chen Instabilität oder des Verlusts von Protein bei dem Aufreinigungsprozess waren Hindernisse für das Erhalten einer direkten Proteinsequenz.
  • Da ein gesteigerter IOP ein leicht messbares Merkmal eines Glaukoms ist, wird die Diagnose dieser Krankheit am häufigsten durch Messung des intraokularen Drucks (Tonometrie) untersucht (Strong, N. P., Ophthal. Physiol. Opt. 12: 3–7 (1992), Greve, M. et al., Can. J. Ophthamol. 28: 201–206 (1993)). Unglücklicherweise sind solche Verfahren von beschränktem Wert solange nicht vielfache Auslesungen erhalten werden, da die glaukomatösen und normalen Druckbereiche überlappen (Hitchings, R. A., Br. J. Ophthamol 77: 326 (1993); Tuck, M. W. et al., Ophthal Physiol. Opt. 13: 227–232 (1993); Vaughan, D. et al., In: General Ophthamology, Appleton & Lange, Norwalk, CT, Seiten 213–230 (1992); Vernon, S. A., Eye 7: 134–137 (1993)). Aus diesem Grund werden häufig zusätzliche Verfahren wie beispielsweise die direkte Untersuchung der optischen Scheibe und die Bestimmung des Ausmaßes des Verlustes des visuellen Feldes eines Patienten durchgeführt, um die Genauigkeit der Diagnose zu verbessern (Greve, M. et al., Can. J. Ophthamol. 28: 201–206 (1993)). Außerdem sind diese Techniken häufig von einem begrenzten prognostischen Wert.
  • Nguyen et al., US-Patentanmeldung Nr. 08/649,432, die am 17. Mai 1996 eingereicht wurde, und deren gesamte Offenbarung hier als Referenz aufgenommen wird, so wie sie hier ausführlich dargelegt wird, offenbart eine neue Proteinsequenz, die in den endothelialen Wandzellen des menschlichen Trabekelwerks durch Glukokortikoide sehr stark induziert wird. Nguyen et al., US-Patentanmeldung Nr. 08/649,432 offenbart ebenfalls die cDNA-Sequenz für dieses Protein, das Protein selbst, Moleküle, die daran binden, und Nukleinsäuremoleküle, die dafür kodieren und stellt verbesserte Verfahren und Reagenzien zum Diagnostizieren von Glaukom und verwandten Krankheiten bereit sowie zum Diagnostizieren anderer Krankheiten oder Zustände, wie beispielsweise kardiovaskuläre, immunologische oder andere Krankheiten oder Zustände, die die Expression oder Aktivität des Proteins beeinflussen.
  • Die vorliegende Erfindung stellt verbesserte diagnostische Agenzien, prognostische Agenzien, therapeutische Agenzien und Verfahren bereit.
  • ZUSAMMENFASSUNG DER ERFINDUNG
  • Ein Gegenstand der Erfindung ist es, ein in vitro-Verfahren zum Diagnostizieren eines Glaukoms in einem Patienten bereitzustellen, welches Schritte umfasst, bei denen man: (A) unter Bedingungen, die eine Nukleinsäurehybridisierung erlauben, ein Markernukleinsäuremolekül, wobei das Markernukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz eines Polynukleotids umfasst, das spezifisch an ein Polynukleotid hybridisiert, welches die Sequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente aufweist, und ein komplementäres Nukleinsäuremolekül, das aus einer Zelle oder einer Körperflüssigkeit des Patienten erhalten wurde, inkubiert, wobei die Nukleinsäurehybridisierung zwischen dem Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, den Nachweis eines Polymorphismus ermöglicht, dessen Vorkommen für eine Mutation vorhersagend ist, welche die TIGR-Antwort in dem Patienten beeinflusst; (B) eine Hybridisierung zwischen dem Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, ermöglicht; und (C) das Vorkommen des Polymorphismus nachweist, wobei der Nachweis des Polymorphismus für ein Glaukom diagnostisch ist.
  • Ein anderer Gegenstand der Erfindung ist, ein in vitro-Verfahren zum Prognostizieren eines Glaukoms bei einem Patienten bereitzustellen, welches die Schritte umfasst, bei denen man: (A) unter Bedingungen, die eine Nukleinsäurehybridisierung erlauben, ein Markernukleinsäuremolekül, wobei das Markernukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz eines Polynukleotids umfasst, welches spezifisch an ein Polynukleotid hybridisiert, das mit einem TIGR-Promotor verknüpft ist, und ein komplementäres Nukleinsäuremolekül, das aus einer Zelle oder einer Körperflüssigkeit des Patienten erhalten wurde, inkubiert, wobei die Nukleinsäurehybridisierung zwischen dem Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, den Nachweis eines Polymorphismus erlaubt, dessen Vorhandensein für eine Mutation vorhersagend ist, die die TIGR-Antwort in dem Patienten beeinflusst; (B) eine Hybridisierung zwischen dem Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, ermöglicht; und (C) das Vorhandensein des Polymorphismus nachweist, wobei der Nachweis des Polymorphismus für ein Glaukom prognostisch ist.
  • Ein anderer Gegenstand der Erfindung ist, Markernukleinsäuremoleküle bereitzustellen, die in der Lage sind spezifisch TIGRmt1, TIGRmt2, TIGRmt3, TIGRmt4, TIGRmt5 und TIGRsv1 nachzuweisen.
  • Ein anderer Gegenstand der Erfindung ist, ein in vitro-Verfahren zum Diagnostizieren einer Steroidsensitivität bei einem Patienten bereitzustellen, welches die Schritte umfasst, bei denen man: (A) unter Bedingungen, die eine Nukleinsäurehybridisierung erlauben, ein Markernukleinsäuremolekül, wobei das Markernukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz eines Polynukleotids umfasst, welches mit einem TIGR-Promotor verknüpft ist, und ein komplementäres Nukleinsäuremolekül, das aus einer Zelle oder einer Körperflüssigkeit des Patienten erhalten wurde, inkubiert, wobei die Nukleinsäurehybridisierung zwischen dem Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, den Nachweis eines Polymorphismus ermöglicht, dessen Vorhandensein für eine Mutation, die die TIGR-Antwort in dem Patienten beeinflusst, vorhersagend ist; (B) die Hybridisierung zwischen dem TIGR kodierenden Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, ermöglicht; und (C) das Vorhandensein des Polymorphismus nachweist, wobei der Nachweis des Polymorphismus für eine Steroidsensitivität diagnostisch ist.
  • Weitere Gegenstände der Erfindung stellen ein Nukleinsäuremolekül bereit, das die Sequenz der SEQ ID NO: 1 umfasst, rekombinante DNA-Moleküle, die ein Polynukleotid enthalten, das spezifisch an SEQ ID NO: 1 hybridisiert, und im Wesentlichen aufgereinigte Moleküle, die spezifisch an ein Nukleinsäuremolekül binden, das die Sequenz der SEQ ID NO: 1 umfasst.
  • Weitere Gegenstände der Erfindung stellen ein Nukleinsäuremolekül bereit, das die Sequenz der SEQ ID NO: 3 umfasst, rekombinante DNA-Moleküle, die ein Polynukleotid enthalten, das spezifisch an die SEQ ID NO: 3 bindet und im Wesentlichen aufgereinigte Moleküle, die spezifisch an ein Nukleinsäuremolekül binden, das die Sequenz der SEQ ID NO: 3 umfasst.
  • Zusätzliche Gegenstände der Erfindung stellen ein Nukleinsäuremolekül bereit, das die Sequenz der SEQ ID NO: 4 umfasst, rekombinante DNA-Moleküle, die ein Polynukleotid enthalten, das spezifisch an die SEQ ID NO: 4 bindet und im Wesentlichen aufgereinigte Moleküle, die spezifisch an ein Nukleinsäuremolekül binden, das die Sequenz der SEQ ID NO: 4 umfasst.
  • Zusätzliche Gegenstände der Erfindung stellen ein Nukleinsäuremolekül bereit, das die Sequenz der SEQ ID NO: 5 umfasst, rekombinante DNA-Moleküle, die ein Polynukleotid enthalten, das spezifisch an die SEQ ID NO: 5 hybridisiert und im Wesentlichen aufgereinigte Moleküle, die spezifisch an ein Nuklein säuremolekül binden, welches die Sequenz der SEQ ID NO: 5 umfasst.
  • Tatsächlich können die Moleküle der vorliegenden Erfindung verwendet werden, um Krankheiten oder Zustände zu diagnostizieren, die durch Änderungen der Expression extrazellulärer Proteine gekennzeichnet sind.
  • KURZE BESCHREIBUNG DER FIGUREN
  • Die 1A, 1B, 1C, 1D und 1E stellen die Nukleinsäuresequenz einer TIGR-Promotorregion (SEQ ID NO: 1) eines Individuums ohne Glaukom dar.
  • Die 2A, 2B, 2C und 2D stellen den Ort und die Sequenzänderungen, die durch Fettdruck hervorgehoben sind, und die mit den Glaukom-Mutanten TIGRmt1, TIGRmt2, TIGRmt3, TIGRmt4, TIGRmt5 und TIGRsv1 (SEQ ID NO: 2) assoziiert sind, bereit.
  • Die 3A, 3B, 3C, 3D, 3E, 3F und 3G stellen die Nukleinsäuresequenzen eines TIGR-Promotors, und von TIGR-Exons, TIGR-Introns, und TIGR-Strangabwärtssequenzen (SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4 und SEQ ID NO: 5) bereit.
  • Die 4 stellt eine schematische Darstellung des Ortes von Primern auf dem TIGR-Genpromotor für eine Einzelstrang-konformative Polymorphismus("Single Strand Conformational Polymorphism", SSCP)-Analyse bereit.
  • Die 5 stellt eine schematische Darstellung der TIGR-Exons und der Anordnung der SSCP-Primer bereit.
  • Die 6 stellt eine Homologie-Analyse der TIGR-Homologie mit Olfaktomedin und Olfaktomedin-verwandten Proteinen bereit.
  • 7 zeigt die Nukleotidsequenz von TIGR (SEQ ID NO: 26).
  • 8 zeigt die Aminosäuresequenz von TIGR (SEQ ID NO: 32).
  • AUSFÜHRLICHE BESCHREIBUNG DER ERFINDUNG:
  • I. Agenzien der Erfindung
  • Wie er hier verwendet wird, hat der Ausdruck "Glaukom" die Bedeutung, die im Stand der Technik bekannt ist, und schließt sowohl primäre Glaukome, sekundäre Glaukome, Glaukome bei Jugendlichen, angeborene Glaukome, sowie familiäre Glaukome einschließlich aber ohne Beschränkung auf pigmentäres Glaukom, Hochdruck-Glaukom und Niederdruck-Glaukom und ihre verwandten Krankheiten ein. Die Verfahren der vorliegenden Erfindung sind insbesondere relevant für die Diagnose von POAG, OAG, Glaukom bei Jugendlichen und vererbten Glaukomen. Die Verfahren der vorliegenden Erfindung sind ebenfalls insbesondere relevant für die Prognose von POAG, OAG, Glaukom bei Jugendlichen und vererbten Glaukomen. Eine Krankheit oder ein Zustand wird als verwandt zu einem Glaukom bezeichnet, wenn sie/er ein Symptom eines Glaukoms besitzt oder zeigt, z. B. einen erhöhten intraokularen Druck, der aus einem Wasserausflusswiderstand resultiert (siehe Vaughan, D. et al., In: General Ophthamology, Appleton & Lange, Norwalk, CT, Seiten 213–230 (1992)). Die bevorzugten Agenzien der vorliegenden Erfindung werden unten ausführlich diskutiert.
  • Die Agenzien der vorliegenden Erfindung sind in der Lage, zum Diagnostizieren des Vorhandenseins oder des Schweregrads eines Glaukoms und seiner verwandten Krankheiten in einem Patienten, der unter einem Glaukom leidet (ein "glaukomatöser Patient") verwendet zu werden. Die Agenzien der vorliegenden Erfindung sind ebenfalls in der Lage, zum Prognostizieren des Vorhandenseins oder des Schweregrads eines Glaukoms und dessen verwandter Krankheiten in einer Person, die noch nicht unter irgendwelchen klinischen Zeichen eines Glaukoms leidet, verwendet zu werden. Solche Agenzien können entweder natürlich vorkommen oder nicht-natürlich vorkommen. Wie es hier verwendet wird, kann ein natürlich vorkommendes Molekül "im Wesentlichen aufgereinigt" sein, falls dies gewünscht wird, so dass ein oder mehrere Moleküle, das/die in einer natürlich vorkommenden Zubereitung enthalten ist/sind oder sein kann/können, die das Molekül enthält, entfernt worden sein kann/können oder in einer niedrigeren Konzentration vorhanden sein kann/können als in der, in der es normalerweise gefunden werden würde.
  • Die Agenzien der vorliegenden Erfindung werden vorzugsweise "biologisch aktiv" sein, entweder bezüglich einer strukturellen Eigenschaft wie beispielsweise der Fähigkeit einer Nukleinsäure, an ein anderes Nukleinsäuremolekül zu hybridisieren oder der Fähigkeit eines Proteins, von einem Antikörper gebunden zu werden (oder mit einem anderen Molekül um solch eine Bindung zu konkurrieren). Alternativ kann solch eine Eigenschaft katalytisch sein und schließt somit die Fähigkeit des Agens ein, eine chemische Reaktion oder Antwort zu vermitteln.
  • Wie er hier verwendet wird, bezieht sich der Ausdruck "TIGR-Protein" auf ein Protein, das eine Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 32 aufweist. Wie hier verwendet umfassen die Agenzien der vorliegenden Erfindung Nukleinsäuremoleküle, Proteine und organische Moleküle.
  • Wie oben angegeben, wurde vorgeschlagen, dass das Trabekelwerk eine wichtige Rolle bei dem normalen Fluss der Flüssigkeit spielt und es wurde angenommen, dass es die Hauptstelle des Ausflusswiderstandes in glaukomatösen Augen ist. Menschliche Trabelwerk("human trabecular meshwork", HTM)-Zellen sind endothelial-ähnliche Zellen, welche die Ausflusskanäle durch die das Kammerwasser das Auge verlässt auskleiden; geänderte künstliche Funktion der Zellen kann bei der Pathogenese eines Steroidglaukoms und anderer Arten von Glaukomen beteiligt sein. Anhaltende Steroidbehandlung dieser Zellen ist interessant, da sich gezeigt hat, dass ein Hauptunterschied beobachtet wurde, wenn er mit einer ein- bis zweitägigen Glukokortikoid(GC)-Exposition verglichen wurde. Dieser Unterschied scheint relevant in Bezug auf den klinischen Ausbruch eines Steroidglaukoms (1–6 Wochen) zu sein.
  • Obwohl gefunden wurde, dass Trabekelwerkzellen spezifische Proteine als Antwort auf Glukokortikoide induzieren (siehe Polansky, J. R., In: "Basic Aspects of Glaucoma Research III", Schattauer, New York 307–318 (1993)), wurden Versuche, die exprimierten Proteine aufzureinigen durch die Unlöslichkeit und andere Schwierigkeiten behindert. Nguyen, T. D. et al., (In: "Basic Aspects of Glaucoma Research 111", Schattauer, New York, 331–343 (1993)) verwendeten einen molekularen Klonierungsansatz, um eine hoch-induzierte mRNA-Art aus Glukokortikoid-induzierten humanen Trabekelzellen zu isolieren. Die mRNA zeigte einen Zeitverlauf der Induktion, der ähnlich zu dem von Glukokortikoid-induzierten Proteinen war. Der Klon wurde als "II.2" bezeichnet (ATCC Nr.: 97994, American Type Culture Collection, Rockville Maryland).
  • Nguyen et al., US-Patentanmeldung Nr. 08/649,432, die am 17. Mai 1996 eingereicht wurde, isolierte einen II.2-Klon, der für ein neues sekretorisches Protein kodierte, das in Zellen des Trabekelwerkes nach Exposition mit Glukokortikoiden induziert wird. Es ist vorgeschlagen worden, dass dieses Protein in den extrazellulären Räumen des Trabekelwerkes eingelagert wird und an die Oberfläche der endothelialen Zellen bindet, die das Trabekelwerk auskleiden, und somit eine Verminderung des wässrigen Flusses verursacht. Quantitative Dotblot-Analysen und PCR-Untersuchungen haben gezeigt, dass die mRNA eine fortschreitende Induktion mit der Zeit zeigt, wohingegen andere bekannte GC-Induktionen aus anderen Systemen und in HTM-Zellen gefunden (Metallothionein, α-1-Säure Glykoprotein und α-1-Antichymotrypsin) ein maximales Niveau bei einem Tag oder früher erreichten. Von besonderem Interesse ist, dass das Induktionsniveau dieses Klons sehr hoch war (4 bis 6% der gesamten zellulären mRNA) mit Kontrollniveaus, die ohne PCR-Verfahren nicht nachweisbar waren. Basierend auf Untersuchungen mit 35S-Methionin-Zellmarkierung hat der Klon die Eigenschaften, die kürzlich für das Haupt-GC-induzierte extrazelluläre Glykoprotein in diesen Zellen aufgeklärt wurden, welches ein sialinisiertes, N-glykosyliertes Molekül mit einem vermeintlichen Inositolphosphatanker ist. Die Induktion der mRNA näherte sich 4% der gesamten zellulären mRNA. Die mRNA stieg stufenweise über 10 Tage Dexamethasonbehandlung an. Der II.2-Klon ist 2,0 kB, wohingegen das Northernblotten eine Bande von 2,5 kB zeigt. Obwohl es keinen poly-A-Schwanz einschließt, enthält das 3'-Ende des Klons zwei Konsensus-Polyadenylierungssignale.
  • Ein genomischer Klon wurde isoliert und als P1TIGR-Klon bezeichnet (ATCC Nr.: 97570, American Type Culture Collection, Rockville Maryland). In-situ-Hybridisierung unter Verwendung des P1TIGR-Klons zeigt ein TIGR-Gen und/oder eine Sequenz oder Sequenzen, die spezifisch an das TIGR-Gen, das auf Chromosom 1, q21–27 lokalisiert ist, hybridisiert und noch bevorzugter an das TIGR-Gen, das auf Chromosom 1, q22–26 lokalisiert ist und am meisten bevorzugt an das TIGR-Gen, das auf Chromo som 1, q24 lokalisiert ist. Klon P1TIGR umfasst humane genomische Sequenzen, die spezifisch mit dem TIGR-Gen hybridisieren, das in die BamHI-Stelle des Vektors pCYPAC kloniert wurde (Ioannou et al., Nature Genetics, 6: 84–89 (1994)).
  • Wie er hier verwendet wird, bezieht sich der Ausdruck "TIGR-Gen" auf die Region der DNA, die bei der Herstellung eines TIGR-Proteins beteiligt ist; es schließt ohne Beschränkung Regionen ein, die der kodierenden Region vorangehen und nachfolgen genauso wie Zwischensequenzen zwischen individuellen kodierenden Regionen.
  • Wie er hier verwendet wird, bezieht sich der Ausdruck "TIGR-Exon" auf jede unterbrochene Region des TIGR-Gens, die als Vorlage für ein reifes TIGR mRNA-Molekül dient. Wie er hier verwendet wird, bezieht sich der Ausdruck "TIGR-Intron" auf eine Region des TIGR-Gens, die nicht-kodierend ist und als Vorlage für ein TIGR mRNA-Molekül dient.
  • Lokalisierungsstudien unter Verwendung einer Stanford G3-Bestrahlungshybridplatte kartierten das TIGR-Gen in der Nähe des D1S2536-Markers mit einem LOD-Wert von 6,0 (Richard et al., American Journal of Human Genetics 52.5: 915–921 (1993); Frazer et al., Genomics 14.3: 574–578 (1992), Research Genetics, Huntsville, Alabama). Andere Marker in dieser Region schließen D1S210; D1S1552; D1S2536; D1S2790; SHGC-12820; und D1S2558 ein.
  • Sequenzen, die strangaufwärts („upstream") von der TIGR-kodierenden Region lokalisiert sind, werden aus einem Individuum ohne Glaukom isoliert und sequenziert. Die Upstream-Sequenz ist in SEQ ID. No: 1 dargestellt. Sequenzvergleiche der Upstream-Region eines Individuums ohne Glaukom und eines Individuums mit Glaukom identifizieren eine Anzahl von Mutationen in Individuen mit Glaukom. Diese Mutationen werden in 2 dargestellt. Fünf Mutationen sind identifiziert. TIGRmt1 ist das Ergebnis eines Austausch eines Cytosins durch ein Guanin an Position 4337 (SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 und SEQ ID NO: 3). TIGRmt2 ist das Ergebnis eines Austauschs eines Cytosins durch ein Thymin an Position 4950 (SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 und SEQ ID NO: 3). TIGRmt3 ist das Ergebnis einer Hinzufügung in der folgenden Reihenfolge eines Guanins, eines Thymins, eines Guanins und eines Thymins (GTGT) an Position 4998 (SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 und SEQ ID NO: 3). TIGRmt4 ist das Ergebnis eines Austauschs eines Adenins durch ein Guanin an Position 4256 (SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 und SEQ ID NO: 3). TIGRmt5 ist das Ergebnis eines Austauschs eines Guanins durch ein Adenin an Position 4262 (SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 und SEQ ID NO: 3). Eins oder mehrere der TIGRmt1, TIGRmt2, TIGRmt3, TIGRmt4 und TIGRmt5 können homozygot oder heterozygot sein.
  • Sequenzvergleiche der Upstream-Region eines Individuums ohne Glaukom und eines Individuums mit Glaukom identifizieren mindestens eine Sequenzvariation in Individuen mit Glaukom. Eine solche Sequenzvariante ist in 2 dargestellt. TIGRsv1 ist das Ergebnis eines Austauschs eines Adenins durch ein Guanin an Position 4406 (SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 und SEQ ID NO: 3).
  • Moleküle, die Sequenzen upstream von der TIGR-kodierenden Region umfassen, stellen nützliche Marker für polymorphe Untersuchungen bereit. Solche Moleküle schließen Primer ein, die für Einzelstrang-konformative polymorphe Untersuchungen geeignet sind, wofür die folgenden Beispiele sind: Vorwärtsprimer "Sk – 1a": 5'-TGA GGC TTC CTC TGG AAA C-3' (SEQ ID NO: 6); Rückwärtsprimer "ca2": 5'-TGA AAT CAG CAC ACC AGT AG-3' (SEQ ID NO: 7); Vorwärtsprimer "CA2": 5'-GCA CCC ATA CCC CAA TAA TAG-3' (SEQ ID NO: 8); Rückwärtsprimer "Pr + 1": 5'-AGA GTT CCC CAG ATT TCA CC-3' (SEQ ID NO: 9); Vorwärtsprimer "Pr – 1": 5'-ATC TGG GGA ACT CTT CTC AG-3' (SEQ ID NO: 10); Rückwärtsprimer "Pr + 2(4A2)": 5'-TAC AGT TGT TGC AGA TAC G-3' (SEQ ID NO: 11); Vorwärtsprimer "Pr – 2(4A)": 5'-ACA ACG TAT CTG CAA CAA CTG-3' (SEQ ID NO: 12); Rückwärtsprimer "Pr + 3(4A)": 5'-TCA GGC TTA ACT GCA GAA CC-3' (SEQ ID NO: 13); Vorwärtsprimer "Pr – 3(4A)": 5'-TTG GTT CTG CAG TTA AGC C-3' (SEQ ID NO: 14); Rückwärtsprimer "Pr + 2(4A1)": 5'-AGC AGC ACA AGG GCA ATC C-3' (SEQ ID NO: 15); Rückwärtsprimer "Pr + 1(4A)": 5'-ACA GGG CTA TAT TGT GGG-3' (SEQ ID NO: 16).
  • Zusätzlich stellen Moleküle, die Sequenzen innerhalb der TIGR-Exons umfassen, nützliche Marker für polymorphe Untersuchungen bereit. Solche Moleküle schließen Primer ein, die für Einzelstrang-konformative polymorphe Untersuchungen geeignet sind, für die die folgenden Beispiele sind: Vorwärtsprimer "KS1X": 5'-CCT GAG ATG CCA GCT GTC C-3' (SEQ ID NO: 17); Rückwärtsprimer "SK1XX": 5'-CTG AAG CAT TAG AAG CCA AC-3' (SEQ ID NO: 18); Vorwärtsprimer "KS2a1": 5'-ACC TTG GAC CAG GCT GCC AG-3' (SEQ ID NO: 19); Rückwärtsprimer "SK3" 5'-AGG TTT GTT CGA GTT CCA G-3' (SEQ ID NO: 20); Vorwärtsprimer "KS4": 5'-ACA ATT ACT GGC AAG TAT GG-3' (SEQ ID NO: 21); Rückwärtsprimer "SK6A": 5'-CCT TCT CAG CCT TGC TAC C-3' (SEQ ID NO: 22); Vorwärtsprimer "KS5": 5'-ACA CCT CAG CAG ATG CTA CC-3' (SEQ ID NO: 23); Rückwärtsprimer "SK8": 5'-ATG GAT GAC TGA CAT GGC C-3' (SEQ ID NO: 24); Vorwärtsprimer "KS6": 5'-AAG GAT GAA CAT GGT CAC C-3' (SEQ ID NO: 25).
  • Die Positionen der Primer: Sk – 1a, ca2, CA2, Pr + 1, Pr – 1, Pr + 2(4A2), Pr – 2(4A), Pr + 3(4A), Pr – 3(4A), Pr – 3(4A), Pr + 2(4A1), und Pr + 1(4A) sind schematisch in 4 dargestellt. Die Positionen der Primer: KS1X, SK1XX, Ks2a1, SK3, KS4, SK6A, KS5, SK8, und KS6 sind schematisch in 5 dargestellt.
  • Die primäre Struktur der TIGR-kodierenden Region beginnt von einer ATG-Initiierungsstelle (SEQ ID NO: 3, Reste 5337– 5339) und schließt eine 20 Aminosäurekonsensussignalsequenz, ein zweites ATG (SEQ ID NO: 3, Reste 5379–5381) ein, was zeigt, dass das Protein ein sekretorisches Protein ist. Die Nukleotidsequenz für die TIGR-kodierende Region ist in 7 dargestellt (SEQ ID NO: 26). Das Protein enthält eine N-verknüpfte Glykosylierungsstelle, die in der am meisten hydrophilen Region des Moleküls lokalisiert ist. Der aminoterminale Teil des Proteins ist hochpolarisiert und nimmt eine α-helikale Struktur an, wie durch das Hydropathieprofil und die Garnier-Robison-Strukturanalyse gezeigt wird. Demgegenüber enthält das Protein eine 25 Aminosäure-hydrophobe Region in der Nähe des Carboxyterminus. Diese Region kann eine Glukokortikoid-induzierte-Protein(GIP)-Ankersequenz umfassen. Die Aminosäuresequenz des TIGR ist in 8 dargestellt (SEQ ID NO: 33).
  • Die Untersuchung einer Cyclohexamidbehandlung in Abwesenheit und Anwesenheit von GC legt nahe, dass die Induktion des TIGR zusätzlich zu dem GC-Rezeptor weitere Faktoren umfassen kann. Das TIGR-Gen kann bei der zellulären Stressantwort beteiligt sein, da es ebenfalls durch Stimulanzien wie beispielsweise H2O2, 12-O-Tetradodecanylphorbol-13-Acetat (TPA) und hoher Glukosemenge induziert wird; diese Tatsache kann mit der Glaukompathogenese und Behandlung in Beziehung stehen.
  • Ein Sequenzvergleich der Upstream-Region identifiziert eine Anzahl von DNA-Motiven (cis-Elementen). Diese DNA-Motive oder cis-Elemente sind in 1 gezeigt. Diese Motive schließen, ohne Beschränkung, Glukokortikoid-Response-Motiv(e), "Shear-Stress-Response"-Motiv(e), NFKB-Erkennungs-Motiv(e) und AP1-Motiv(e) ein. Die Positionen dieser und anderer Motive sind schematisch in 1 dargestellt. Wie er hier verwendet wird bezieht sich der Ausdruck "cis-Element, das zur Bindung in der Lage ist" auf die Fähigkeit eines oder mehrerer der beschriebenen cis-Elemente, spezifisch ein Agens zu binden. Solch ein Binden kann durch jede chemische, physikalische oder biologische Interaktion zwischen dem cis-Element und dem Agens erfolgen, einschließlich aber nicht beschränkt auf jede kovalente, sterische, agostische, elektronische und ionische Wechselwirkung zwischen dem cis-Element und dem Agens. Wie er hier verwendet wird, bezieht sich der Ausdruck "bindet spezifisch" auf die Fähigkeit des Agens, an ein spezifiziertes cis-Element aber nicht an gänzlich unverwandte Nukleinsäuresequenzen zu binden.
  • Eine bevorzugte Klasse von Agenzien umfasst TIGR-Nukleinsäuremoleküle ("TIGR-Moleküle"). Solche Moleküle können entweder DNA oder RNA sein. Eine zweite bevorzugte Klasse von Agenzien ("TIGR-Moleküle") umfasst das TIGR-Protein, seine Peptidfragmente, Fusionsproteine und Analoge.
  • Die Expression des Ratten PRL-Gens ist extrem auf Schleim-absondernde, laktotrophe Zellen begrenzt und wird durch den cAMP-abhängigen Proteinkinase A-Stoffwechselweg induziert. Mindestens eines der redundanten Schleim-absondernden spezifischen Elemente (PRL-FP111) des proximalen Ratten-PRL-Promotors ist für diesen Proteinkinase A-Effekt erforderlich (Rajnarayan et al., Molecular Endochronology 4: 502–512 (1995)). Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für PRL-FP111 ist, ist in 1 an den Resten 370–388 bzw. 4491–4502 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription der TIGR-Moleküle von Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration der Moleküle, die an das PRL-FP111 Upstream-Motiv oder cis-Element binden, ändern. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Von einer Konsensussequenz (GR/PR), die von sowohl dem Glukokortikoidrezeptor der Rattenleber und dem Progesteronrezeptor aus der Kaninchengebärmutter erkannt wird, ist berichtet worden, dass sie bei der Glukokortikoid- und Progesteron-abhängigen Genexpression beteiligt ist (Von der Ahe et al. Nature 313: 706–709 (1985)). Eine Sequenz, die einem GC/PR Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 433–445 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription der TIGR-Moleküle durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration des Glukokortikoids oder Progesterons oder ihrer Homologe zu ändern einschließlich aber nicht begrenzt auf die Konzentration von Glukokortikoid oder Progesteron oder ihrer Homologe, die an GC/PR Strangaufwärts-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien bei der Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Ein "Shear-Stress-Motiv" (SSRE) oder cis-Element ist in einer Anzahl von Genen identifiziert worden, einschließlich der Plättchen-abgeleiteten Wachstumsfaktor B-Kette, Gewebeplasminogenaktivator (tPA), ICAM-1 und TGF-β1 (Resnick et al., Proc. Natl Acad. Sci. (USA) 80: 4591–4595 (1993)). Die Transkription dieser Gene ist mit humoralen Anregungen wie beispielsweise Zytokinen und bakteriellen Produkten sowie mit hämodynamischen Stressbelastungen assoziiert worden. Sequenzen, die dem strangaufwärts gelegenen "Shear-Stress"-Motiv oder cis-Element ent sprechen, sind in 1 bei den Resten 446–451, 1288–1293, 3597–3602, 4771–4776, bzw. 5240–5245 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription der TIGR-Moleküle durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration der Moleküle zu ändern, die in der Lage sind, das "Shear-Stress"-Motiv zu binden. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Konsensussequenz für ein "Glukokortikoid-Response-Upstream"-Motiv (GRE) oder cis-Element ist charakterisiert worden (Beato, Cell 56: 335–344 (1989); Becker et al., Nature 324: 686–688 (1986); Sakai et al., Genes and Development 2: 1144–1154 (1988)). Gene, die dieses Upstream-Motiv oder cis-Element enthalten, werden durch Glukokortikoide, Progesteron, Androgene und mineralische Kortikoide reguliert (Beato, Cell 56: 335–344 (1989)). Sequenzen, die dem "Glukokortikoid-Response-Upstream"-Motiv oder cis-Element entsprechen sind in 1 an den Resten 574–600, 1042–1056, 2444–2468, 2442–2269, 3536–3563, 4574–4593, 4595–4614, 4851–4865, 4844–4864, 5079–5084, bzw. 5083–5111 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von Molekülen zu ändern, die in der Lage sind, ein "Glukokortikoid-Response-Upstream"-Motiv oder cis-Element zu binden. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Sequenz-spezifische Bindestelle (CBE) für das Wildtypnukleäre Phosphoprotein, p53, ist identifiziert worden und scheint mit Replikationsursprüngen assoziiert zu sein (Kern et al. Science 252: 1708–1711 (1991)). Eine Sequenz, die einem CBE-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 735–746 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von p53 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich aber nicht beschränkt auf die Konzentration von p53 und seinen Homologen, das/die an ein CBE-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien auch bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Es wurde gezeigt, dass der nukleäre Faktor „ets-ähnlich" (NFE), der ein transkriptioneller Aktivator ist, welcher p50 und c-Rel-abhängige IgH3'-Enhanceraktivität fördert, an eine NFE-Stelle in dem Rel-abhängigen IgH3'-Enhancer bindet (Linderson et al., European J. Immunology 27: 468–475 (1997)). Eine Sequenz die einem NFE-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 774–795 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration nukleärer Faktoren oder ihrer Homologe zu ändern, einschließlich aber nicht beschränkt auf die Konzentration nukleärer Faktoren oder ihrer Homologe, die an ein NFE-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Ein Upstream-Motiv oder cis-Element (KTF.1-CS) für ein Kontrollelement 3' zu dem humanen Keratin 1-Gen, das die zelltypische Differenzierungsspezische Expression reguliert, ist identifiziert worden (Huff et al., J. Biological Chemistry 268: 377–384 (1993)). Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element, das charakteristisch für KTF.1-CS ist, ist in 1 an den Resten 843–854 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von KTF.1-CS oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich aber nicht beschränkt auf die Konzentration von KTF.1-CS oder seinen Homologen, das/die an KTF.1-CS-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls bei der Untersuchung der Glaukomprogenose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Ein "Progesteron-Responsive"-Element (PRE), das zu der weit strangaufwärts gelegenen Steroid-abhängigen DNAse hypersensi tiven Stelle des Lysozym-Chromatin des Huhns kartiert, ist charakterisiert worden (Hecht et al., EMBO J. 7: 2063–2073 (1988)). Das Element verleiht eine hormonelle Regulation an einen heterologen Promotor und ist aus einem Cluster von Progesteronrezeptorbindestellen zusammengesetzt. Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für PRE ist, ist in 1 an den Resten 987–1026 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von Molekülen zu ändern, die in der Lage sind, ein "Progesteron-Responsive" PRE-Upstream-Motiv oder cis-Element zu binden. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese nützlich sein. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Sequenz (ETF-EGFR) ist charakterisiert worden, welche als Motiv für einen trans-aktiven Transkriptionsfaktor dient, der die Expression des epidermalen Wachstumsfaktorrezeptors reguliert (Regec et al., Blood 85: 2711–2719 (1995)). Eine Sequenz, die einem ETF-EGFR-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 1373–1388 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologen, die an ein ETF-EGFR-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können bei der Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer ande ren Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls bei der Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Es ist gezeigt worden, dass ein allgemeiner trans-wirkender Faktor (SRE-cFos) die Skelett- und Herz-α-Aktin-Gentranspription im Muskel reguliert (Muscat et al., Molecular and Cellular Biology 10: 4120–4133 (1988)). Eine Sequenz, die einem SRE-cFos-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 1447–1456 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Reagenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration nukleärer Faktoren oder ihrer Homologe zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration nukleärer Faktoren oder ihrer Homologe, die an ein SRE-cFos-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien auch für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Alu-repetitive Elemente sind einzigartig bei Primaten und das menschliche Genom ist mit einem durchschnittlichen Abstand von 4 kB mit diesen durchsetzt. Während einige Alu-Sequenzen aktiv durch Polymerase III transkribiert werden, können normale Transkripte ebenfalls Alu-abgeleitete Sequenzen in den 5' oder 3'-nicht-translatierten Regionen enthalten (Jurka und Maikahanljaia, J. Mol. Evolution 32: 105–121 (1992), Claveria und Makalowski, Nature 371: 751–752 (1994). Eine Sequenz, die einem Alu-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 1331–1550 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologen, die an ein Alu-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Konsensussequenz für ein Vitellogenin-Gen-bindendes Protein(VBP)-Upstream-Motiv oder cis-Element ist charakterisiert worden (Iyer et al., Molecular and Cellular Biology 11: 4863–4875 (1991)). Die Expression des VBP-Gens beginnt früh in der Leberontogenese und unterliegt keiner tagesrhythmischen (circadianen) Kontrolle. Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, VBP zu binden, ist in 1 an den Resten 1786–1797 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration des VBP oder seiner Homologe zu ändern, einschließlich aber nicht beschränkt auf die Konzentration des VBP oder seiner Homologe, das/die an ein VBP-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprogno se verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Ein strukturelles Motiv (Malt-CS) oder cis-Element, das bei der Aktivierung sämtlicher Promotoren des Maltose-Operons in Escherichia coli und Klebsiella pneumoniae beteiligt ist, ist charakterisiert worden (Vidal-Ingigliardi et al., J. Mol. Biol. 218: 323–334 (1991)). Eine Sequenz, die einem Upstream-Malt-CS-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 1832–1841 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von Molekülen zu ändern, die in der Lage sind, das Upstream-Malt-CS-Motiv oder cis-Element zu binden. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Konsensussequenz für ein Östrogenrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element ist charakterisiert worden (ERE) (Forman et al., Mol. Endocrinology 4: 1293–1301 (1990); de Verneuil et al., Nucleic Acid Res. 18: 4489–4497 (1990); Gaub et al., Cell 63: 1267–1276 (1990)). Eine Sequenz, die zur Hälfte einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, einen Östrogenrezeptor zu binden, ist in 1 an den Resten 2166–2195, 3413–3429, bzw. 3892–3896 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration des Östrogenrezeptors oder seiner Homologe zu ändern, der/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Es ist gezeigt worden, dass bestimmte Protein-bindende Stellen (NF-Mutagen) in Ig-Gen-Enhancern, welche die transkriptionale Aktivität und Induzierbarkeit bestimmen, mit nukleären Faktoren interagieren (Lenardo et al., Science 236: 1573–1577 (1987)). Eine Sequenz, die einem NF-Mutagen-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 2329–2338 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von nukleären Faktoren oder ihrer Homologe zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von nukleären Faktoren oder ihrer Homologe, die an ein NF-Mutagen-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Konsensussequenz für einen transkriptionellen Rezeptor von c-myc (myc-PRF) Upstream-Motiv oder cis-Element ist identifiziert worden (Kakkis et al., Nature 339: 718–719 (1989)). Myc-PRF interagiert mit einem anderen weit verbreiteten Protein, myc-CF1 (allgemeiner Faktor 1), welcher in der Nähe bindet und diese Assoziierung könnte bei der myc-PFR-Repression wichtig sein. Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden ist in 1 an den Resten 2403–2416 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von myc-PRF oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von myc-PRF oder seinen Homologen, das/die an ein myc-PRF-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Das humane Transkriptionsfaktoraktivatorproten 2 (AP2) ist ein Transkriptionsfaktor, von dem gezeigt wurde, dass er an Sp1, nukleären Faktor 1 (NF1) und Simianvirus 40-Transplantation(SV40T)-Antigen-Bindestellen bindet. Er wird entwicklungsabhängig reguliert (Williams und Tijan, Gene Dev. 5: 670–682 (1991); Mitchell et al., Genes Dev. 5: 105–119 (1991); Coutois et al., Nucleic Acid Research 18: 57–64 (1990); Comb et al., Nucleic Acid Research 18: 3975–3982 (1990); Winings et al., Nucleic Acid Research 19: 3709–3714 (1991)). Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, welches in der Lage ist, AP2 zu binden, sind in 1 an den Resten 2520–2535, bzw. 5170–5187 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von AP2 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von AP2 oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Drosophila RNA-Polymerase II Heat-Shock-Transkriptionsfaktor (HSTF) ist ein Transkriptionsfaktor, von dem gezeigt wurde, dass er für eine aktive Transkription eines hsp70-Gens erforderlich ist (Parker und Topol, Cell 37: 273–283 (1984)). Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, welches in der Lage ist, HSTF zu binden, sind in 1 an den Resten 2622–2635 und 5105–5132 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration des HSTF oder seiner Homologe zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von HSTF und seine Homologe, das/die an ein HSTF-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für SBF ist, ist in 1 an den Resten 2733–2743 dargestellt (Shore et al., EMBO J. 6: 461–467 (1987)). In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von Molekülen zu ändern, die an das SBF-Upstream-Motiv oder cis-Element binden. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Ein NF1-Motiv oder cis-Element ist identifiziert worden, welches eine Familie von mindestens 6 Proteinen erkennt (Courtois, et al., Nucleic Acid Res. 18: 57–64 (1990); Mul et al., J. Virol. 64: 5510–5518 (1990); Rossi et al., Cell 52: 405–414 (1988); Gounari et al., EMBO J. 10: 559–566 (1990); Goyal et al., Mol Cell Biol. 10: 1041–1048 (1990); Mermond et al., Nature 332: 557–561 (1988); Gronostajski et al., Molecular and Cellular Biology 5: 964–971 (1985); Hennighausen et al., EMBO J. 5: 1367–1371 (1986); Chodosh et al., Cell 53: 11–24 (1988)). Das NF1-Protein wird an ein NF1-Motiv oder cis-Element entweder als Dimer (wenn das Motiv pallindromisch ist) oder als ein einzelnes Molekül (wenn das Motiv nicht pallindromisch ist) binden. Das NF1-Protein wird durch TGFβ induziert (Faisst und Meyer, Nucleic Acid Research 20: 3–26 (1992)). Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, NF1 zu binden, sind in 1 an den Resten 2923–2938, 4143–4167 bzw. 4886–4900 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von NF1 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von NF1 oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Konservierte regulatorische Sequenzen (NF-MHCIIA/B) eines Kaninchen-Haupthistokompatibilitäts-Komplexes ("major histocompatability complex") (MHC) Klasse II-Gens sind für die Bindung von zwei verschiedenen nukleären Faktoren NF-MHCIIA und NF-MHCIIB verantwortlich und von ihnen wird angenommen, dass sie bei der Regulation einer koordinierten Expression der Klasse II-Gene – z. B. MHC Klasse II-Gen in B-Lymphozyten, beteiligt sind (Sittisombut Molecular and Cellular Biology 5: 2034–2041 (1988). Eine Sequenz, die einem NF-MHCIIA/B-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 2936–2944 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von NF-MHCIIA oder NF-MHCIIB oder ihrer Homologe zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von NF-MHCIIA oder NF-MHCIIB oder ihrer Homologe, die an ein NF-MHCIIA/B-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung ei ner pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • PEA 1-Bindungsmotive oder cis-Elemente sind identifiziert worden, (Piette und Yaniv, EMBO J. 5: 1331–1337 (1987)). Das PEA1-Protein ist ein Transkriptionsfaktor, von dem berichtet wird, dass er sowohl an die Polyomavirus als auch c-fos-Enhancer bindet. Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, ist in 1 an den Resten 3285–3298 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von PEA1 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von PEA1 oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Von einem konservierten cis-agierenden regulatorischen Element (ICS) ist gezeigt worden, dass es trans-agierende konstitutive nukleäre Faktoren bindet, die in Lymphozyten und Fibroblasten vorhanden sind, welche bei der Interferon(IFN)-vermittelten transkriptionalen Steigerung von MHC Klasse 1 oder anderen Genen beteiligt sind (Shirayoshi et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 85: 5884–5888 (1988)). Eine Sequenz, die einem ICS-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 3688–3699 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologen die an ein ICS-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Konsensussequenz für ein ISGF2-Upstream-Motiv oder cis-Element ist charakterisiert worden (Iman et al., Nucleic Acids Res. 18: 6573–6580 (1990); Harada et al., Cell 63: 303–312 (1990); Yu-Lee et al., Mol. Cell Biol. 10: 3087–3094 (1990); Pine et al., Mol. Cell Biol. 10: 32448–2457 (1990)). ISGF2 wird durch Interferon-α und -γ, Prolaktin und Virusinfektionen induziert. Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, ist in 1 an den Resten 4170–4179 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von ISGF2 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von ISGF2 oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien auch für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können sol che Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Zink zu binden, ist in 1 an den Resten 4285–4292 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von Zink zu ändern. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für CAP/CRP-galO ist, ist in 1 an den Resten 4379–4404 dargestellt (Taniguchi et al., Proc. Natl Acad. Sci (USA) 76: 5090–5094 (1979)). In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von Molekülen zu ändern, die an das CAP/CRP-galO-Upstream-Motiv oder cis-Element binden. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien auch für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Das humane Transkriptionsfaktor-Aktivatorprotein 1 (AP1) ist ein Transkriptionsfaktor, von dem gezeigt wurde, dass er Gene reguliert, welche in transformierten Zellen hochexprimiert sind, beispielsweise Stromelysin, c-fos, α1-anti-Trypsin und Kollagenase (Gutman und Wasylyk, EMBO J. 9.7: 2241–2246 (1990); Martin et al., Proc Natl. Acad. Sci. USA 85: 5839–5843 (1988); Jones et al., Genes and Development 2: 267–281 (1988); Faisst und Meyer, Nucleic Acid Research 20: 3–26 (1992); Kim et al., Molecular and Cellular Biology 10: 1492–1497 (1990); Baumhueter et al., EMBO J. 7: 2485–2493 (1988)). Der AP1-Transkriptionsfaktor ist mit Genen assoziiert worden, die durch 12-O-Tetradecanolyphorbol-13-Acetat (TPA) aktiviert werden (Gutman und Wasylyk, EMBO J. 7: 2241–2246 (1990)). Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, AP1 zu binden, sind in 1 an den Resten 4428–4434 bzw. 4627–4639 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformenen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von AP1 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von AP1 oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Die Geschlechts-bestimmende Region des Y-Chromosomgens, sry, wird in der fötalen Maus für einen kurzen Zeitraum exprimiert, ganz kurz vor der Testisdifferenzierung. SRY ist ein DNA-Bindeprotein, von dem bekannt ist, dass es an eine CACA-reiche Region in dem sry-Gen bindet (Vriz et al., Biochemistry and Molecular Biology International 37: 1137–1146 (1995)). Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element ent spricht, das in der Lage ist, SRY zu binden, ist in 1 an den Resten 4625–4634 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von SRY oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von SRY oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese nützlich sein. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für GC2-GH ist, ist in 1 an den Resten 4689–4711 dargestellt (West et al., Molecular and Cellular Biology 7: 1193–1197 (1987)). In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von GC2-GH oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von GC2-GH oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien auch für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • PEA 3-Bindungsmotive oder cis-Elemente sind identifiziert worden (Martin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 85: 5839–5843 (1988); Gutmau und Wasylyk, EMBO J. 7: 2241–2246 (1990)). Das PEA3-Protein ist ein Transkriptionsfaktor, von dem berichtet wird, dass er mit AP1-ähnlichen Proteinen interagiert (Martin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 85: 5839–5843 (1988)). Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, sind in 1 an den Resten 4765–4769 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von PEA3 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von PEA3 oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • "Mammalian interspersed repetitive" (MIR) ist ein Element, das bei der Kodierung und Prozessierung von Sequenzen von Säugetiergenen beteiligt ist. Das MIR-Element ist mindestens 260 Bp lang und zählt ungefähr 105-Kopien innerhalb des Säugetiergenoms (Murnane et al., Nucleic Acids Research 15: 2837–2839 (1995)). Eine Sequenz, die einem MIR-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 4759–4954 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologe zu ändern, einschließ lich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von nukleären Faktoren oder ihren Homologen, die an ein MIR-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Normale Leber und differenzierte Hepatomzelllinien enthalten einen Hepatozyten-spezifischen nukleären Faktor (HNF-1), der an cis-agierende Elementsequenzen innerhalb der Promotoren der α- und β-Ketten von Fibrinogen und α-1-Antitrypsin bindet (Baumhueter et al., EMBO J. 8: 2485–2493). Eine Sequenz, die einem HNF-1-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 4923–4941 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von HNF-1 oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von HNF-1 oder seinen Homologen, das/die an ein HNF-1-Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Eine Anzahl von cis-Elementen oder Upstream-Motiven sind mit der Genregulation durch Steroid- und Thyroidhormone assoziiert worden (z. B. Glukokortikoid und Östrogen) (Beato, Cell 56: 335–344 (1989); Brent et at., Molecular Endocrinology 89: 1996–2000 (1989); Glass et al., Cell 54: 313–323 (1988); Evans, Science 240: 889–895 (1988)).
  • Eine Konsensussequenz für ein Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis Element (TRE) ist charakterisiert worden (Beato, Cell 56: 335–344 (1989)). Eine Sequenz, die einem Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, ist in 1 an den Resten 5151–5156 dargestellt. Thyroidhormone sind in der Lage, Gene zu regulieren, die ein Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element enthalten (Glass et at., Cell 54: 313–323 (1988)). Thyroidhormone können TIGR negativ regulieren. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien beeinflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von Molekülen zu ändern, die in der Lage sind, ein Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element zu binden. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • NFκB ist ein Transkriptionsfaktor, der angeblich mit einer Anzahl von biologischen Prozessen einschließlich T-Zellaktivierung und Zytokinregulierung assoziiert ist (Lenardo et at., Cell 58: 227–229 (1989)). Von einem Konsensus-Upstream-Motiv oder cis-Element, das in der Lage ist, NFκB zu binden, ist berichtet worden (Lenardo et al., Cell 58: 227–229 (1989)). Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, NFκB zu binden, sind in 1 an den Resten 5166–5175 dargestellt. In Übereinstimmung mit den Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung kann die Transkription von TIGR-Molekülen durch Agenzien be einflusst werden, die in der Lage sind, die biochemischen Eigenschaften oder Konzentration von NFκB oder seinen Homologen zu ändern, einschließlich, aber nicht beschränkt auf die Konzentration von NFκB oder seinen Homologen, das/die an ein Upstream-Motiv oder cis-Element gebunden ist/sind. Solche Agenzien können für die Untersuchung der Glaukompathogenese verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können solche Agenzien ebenfalls für die Untersuchung der Glaukomprognose verwendet werden. In einer anderen Ausführungsform können die Agenzien für die Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung für die Behandlung eines Glaukoms verwendet werden.
  • Wenn eines oder mehrere der Agenzien ein Nukleinsäuremolekül ist/sind, kann solch ein Nukleinsäuremolekül Sense-, Antisense- oder Triplex-Oligonukleotide sein, die irgendeinem Teil des TIGR-Promotors, der TIGR-cDNA, eines TIGR-Introns, eines TIGR-Exons oder TIGR-Gens entsprechen.
  • Der erfindungsgemäße TIGR-Promotor oder ein Fragment davon kann in einen geeigneten Vektor kloniert und verwendet werden, um die Expression eines Markergens zu fördern (z. B. Glühwürmchenluciferase (de Wet, Mol. Cell Biol. 7: 725–737 (1987) oder GUS (Jefferson et al., EMBO J. 6: 3901–3907 (1987)). In einer anderen Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann ein TIGR-Promotor in einen geeigneten Vektor kloniert und verwendet werden, um die Expression eines TIGR-Gens in einer geeigneten eukaryotischen oder prokaryotischen Wirtszelle zu fördern (z. B. menschliche Trabekelzelle, Chinesische Hamsterzelle, E. coli). In einer anderen Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann ein TIGR-Promotor in einen geeigneten Vektor kloniert und verwendet werden, um die Expression eines homologen oder heterologen Gens in geeigneten eukaryotischen oder prokaryotischen Wirtszellen zu fördern (z. B. menschlichen Trabekelzelllinien, Chinesischen Hamsterzellen, E. coli).
  • Fachleute sind mit den Standardbezugsquellematerialien vertraut, welche spezifische Bedingungen und Verfahren für die Konstruktion, Manipulation und Isolierung von Makromolekülen (z. B. DNA-Moleküle, Plasmide etc.), Erzeugung von rekombinanten Organismen und dem Screening und dem Isolieren von Klonen beschreiben (siehe z. B. Sambrook et al., In Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press (1989); Old and Primrose, In Principles of Gene Manipulation: An Introduction To Genetic Engineering, Blackwell (1994)).
  • Der erfindungsgemäße TIGR-Promotor oder jeder Teil davon kann in einem Verzögerungsgel ("Gel-Retardation") oder Band-Shift-Assay verwendet werden (Old und Primose, In Principles of Gene Manipulation: In Introduction To Genetic Engineering, Blackwell (1994)). Jedes der cis-Elemente, die in der vorliegenden Erfindung identifiziert sind, kann in einem Verzögerungsgel oder Band-Shift-Assay verwendet werden, um Proteine zu isolieren, die in der Lage sind, das cis-Element zu binden. Geeignete DNA-Fragmente oder Moleküle umfassen oder bestehen aus einem oder mehreren der Folgenden: Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das charakteristisch für PRL-FP111 ist, wie in 1 an den Resten 370–388 bzw. 4491–4502 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, GR/PR zu binden, wie in 1 an den Resten 433–445 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Shear-Stress-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 446–451, 1288–1293, 3597–3602, 4771–4776 bzw. 5240–5245 dargestellt, Sequenzen, die einem Glukokortikoid-Response-Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 574–600, 1042–1056, 2444–2468, 2442–2269, 3536–3563, 4574–4593, 4595–4614, 4851–4865, 4844–4864, 5079–5084 bzw. 5083–5111 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, CBE zu binden, wie in der 1 an den Resten 735–746 dargestellt, eine Se quenz, die einem Uptream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFE zu binden, wie in 1 an den Resten 774–795 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 843–854 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PFE zu binden, wie in 1 an den Resten 987–1026 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ETF-EGFR zu binden, wie in 1 an den Resten 1373–1388 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, wie in 1 an den Resten 1447–1456 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Alu zu binden, wie in 1 an den Resten 1331–1550 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, VBP zu binden, wie in 1 an den Resten 1786–1797 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Malt-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 1832–1841 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, ERE zu binden, wie in 1 an den Resten 2167–2195, 3413–3429 bzw. 3892–3896 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-Mutagen zu binden, wie in 1 an den Resten 2329–2338 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, wie in 1 an den Resten 2403–2416 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, AP2 zu binden, wie in 1 an den Resten 2520–2535 bzw. 5170–5187 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, HSTF zu binden, wie in 1 an den Resten 2622–2635 bzw. 5105–5132 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für SBF ist, wie in 1 an den Resten 2733–2743 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 2923–2938, 4144–4157 bzw. 4887–4900 dargestellt ist, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, wie in 1 an den Resten 2936–2944 dargestellt ist, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, wie in 1 an den Resten 3285–3298 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ICS zu binden, wie in 1 an den Resten 3688–3699 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, wie in 1 an den Resten 4170–4179 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Zink zu binden, wie in 1 an den Resten 4285–4293 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für CAP/CRP-galO ist, wie in 1 an den Resten 4379–4404 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, AP1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4428–4434 bzw. 4627–4639 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRY zu binden, wie in 1 an den Resten 4625–4634 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für GC2 ist, wie in 1 an den Resten 4678–4711 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, "das in der Lage ist, PEA3 zu binden, wie in 1 an den Resten 4765–4769 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, MIR zu binden, wie in 1 an den Resten 4759–4954 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis- Element entspricht, das in der Lage ist, NF-HNF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4923–4941 dargestellt, eine Sequenz, die einem Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, wie in 1 an den Resten 5151–5156 dargestellt und eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFκB zu binden, wie in 1 an den Resten 5166–5175 dargestellt.
  • Eine bevorzugte Klasse von Agenzien der vorliegenden Erfindung umfasst Nukleinsäuremoleküle, die für den gesamten oder ein Fragment des "TIGR-Promotors" oder flankierende Gensequenzen kodieren. Wie er hier verwendet wird, wird der Ausdruck "TIGR-Promotor" oder "Promotor" in einer weitreichenden Bedeutung verwendet, um sich auf regulatorische Sequenz(en) zu beziehen, die die mRNA Herstellung kontrolliert/kontrollieren. Solche Sequenzen schließen RNA-Polymerasebindestellen, Glukokortikoid-Response-Elemente, Enhancer, etc. ein. All diese TIGR-Moleküle können verwendet werden, um das Vorhandensein eines Glaukoms und den Schweregrad eines Glaukoms zu diagnostizieren. Solche Moleküle können entweder DNA oder RNA sein.
  • Fragmentnukleinsäuremoleküle können einen signifikanten Teil/Teile von oder das Meiste von SEQ ID NO: 1 oder SEQ ID NO: 3 oder SEQ ID NO: 4 oder SEQ ID NO: 5 kodieren. Alternativ können die Fragmente kleinere Oligonukleotide umfassen (die ungefähr 15 bis 250 Nukleotidreste aufweisen und bevorzugter ungefähr 15 bis ungefähr 30 Nukleotidreste). Solche Oligonukleotide umfassen SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25.
  • Alternativ können solche Oligonukleotide entweder vom TIGR-Promotor, TIGR-Introns, TIGR-Exons, TIGR-cDNA und TIGR-Strangabwärtssequenzen abgeleitet sein, welche eins oder mehr der Folgenden umfassen oder daraus bestehen: Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das charakteristisch für PRL-FP111 ist, wie in 1 an den Resten 370–388 bzw. 4491–4502 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, GR/PR zu binden, wie in 1 an den 433–445 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Shear-Stress-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 446–451, 1288–1293, 3597–3602, 4771–4776 bzw. 5240–5245 dargestellt, Sequenzen, die einem Glukokortikoid-Response-Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 574–600, 1042–1056, 2444–2468, 2442–2269, 3536–3563, 4574–4593, 4595–4614, 4851–4865, 4844–4864, 5079–5084 bzw. 5083–5111 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, CBE zu binden, wie in der 1 an den Resten 735–746 dargestellt, eine Sequenz, die einem Uptream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFE zu binden, wie in 1 an den Resten 774–795 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 843–854 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PRE zu binden, wie in 1 an den Resten 987–1026 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ETF-EGFR zu binden, wie in 1 an den Resten 1373–1388 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, wie in 1 an den Resten 1447–1456 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Alu zu binden, wie in 1 an den Resten 1331–1550 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, VBP zu binden, wie in 1 an den Resten 1786–1797 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Malt-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 1832–1841 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, ERE zu binden, wie in 1 an den Resten 2167–2195, 3413–3429 bzw. 3892–3896 dargestellt, einer Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-Mutagen zu binden, wie in 1 an den Resten 2329–2338 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, wie in 1 an den Resten 2403–2416 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, AP2 zu binden, wie in 1 an den Resten 2520–2535 bzw. 5170–5187 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, HSTF zu binden, wie in 1 an den Resten 2622–2635 bzw. 5105–5132 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für SBF ist, wie in 1 an den Resten 2733–2743 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 2923–2938, 4144–4157 bzw. 4887–4900 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, wie in 1 an den Resten 2936–2944 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, wie in 1 an den Resten 3285–3298 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ICS zu binden, wie in 1 an den Resten 3688–3699 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, wie in 1 an den Resten 4170–4179 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Zink zu binden, wie in 1 an den Resten 4285–4293 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für CAP/CRP-galO ist, wie in 1 an den Resten 4379–4404 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, AP1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4428–4434 bzw. 4627–4639 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRY zu binden, wie in 1 an den Resten 4625–4634 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für GC2 ist, wie in 1 an den Resten 4678–4711 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, wie in 1 an den Resten 4765–4769 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, MIR zu binden, wie in 1 an den Resten 4759–4954 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-HNF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4923–4941 dargestellt, eine Sequenz, die einem Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, wie in 1 an den Resten 5151–5156 dargestellt und eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFκB zu binden, wie in 1 an den Resten 5166–5175 dargestellt. Für solche Zwecke müssen die Oligonukleotide in der Lage sein, spezifisch an ein Nukleinsäuremolekül zu hybridisieren, welches genetisch und physikalisch mit dem TIGR-Gen verknüpft ist. Wie er hier verwendet wird, bezieht sich der Ausdruck "verknüpft" auf genetisch, physikalisch oder funktionsfähig verknüpft.
  • Wie es hier verwendet wird, werden zwei Nukleinsäuremoleküle als in der Lage zur spezifischen Hybridisierung miteinander bezeichnet, wenn die zwei Moleküle in der Lage sind, eine an tiparallele-doppelsträngige Nukleinsäurestruktur zu bilden, wohingegen sie unfähig sind, eine doppelsträngige Struktur zu bilden, wenn sie mit einem Nicht-TIGR-Nukleinsäuremolekül inkubiert werden. Ein Nukleinsäuremolekül wird als "Komplement" eines anderen Nukleinsäuremoleküls bezeichnet, wenn sie eine vollständige Komplementärität aufweisen. Wie es hier verwendet wird werden Moleküle als eine "vollständige Komplementarität" aufweisend bezeichnet, wenn jedes Nukleotid des einen Moleküls komplementär zu einem Nukleotid des anderen ist. Zwei Moleküle werden als "minimal komplementär" bezeichnet, wenn sie mit ausreichender Stabilität aneinander hybridisieren können, um ihnen zu erlauben, zumindest unter herkömmlichen "low-stringency" (geringe Stringenz)-Bedingungen aneinander angelagert zu bleiben. Ebenso werden die Moleküle als "komplementär" bezeichnet, wenn sie mit ausreichender Stabilität aneinander hybridisieren können, um zu erlauben, dass sie aneinander unter herkömmlichen "high-stringency" (hoch Stringenz)-Bedingungen aneinander gelagert bleiben. Herkömmliche Stringenzbedingungen werden von Sambrook, J., et al., (In: Molecular Cloning, a Laboratory Manual, 2. Auflage, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York (1989)) und von Haymes, B. D., et al. (In: Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press, Washington, DC (1985)), die hier beide durch Referenz aufgenommen werden) beschrieben. Abweichungen von vollständiger Komplementarität sind daher erlaubt, solange solche Abweichungen nicht vollständig die Fähigkeit der Moleküle zur Bildung einer doppelsträngigen Struktur verhindern. Somit braucht ein Oligonukleotid, um als Primer zu dienen, nur ausreichend komplementär in der Sequenz sein, um in der Lage zu sein, eine stabile doppelsträngige Struktur bei den besonderen Lösungsmittel- und Salzkonzentrationen, die eingesetzt werden, zu bilden.
  • Abweichend von ihren diagnostischen oder prognostischen Verwendungen können solche Oligonukleotide eingesetzt werden, um andere TIGR-Nukleinsäuremoleküle zu erhalten. Solche Moleküle schließen das TIGR-kodierende Nukleinsäuremolekül von nicht-humanen Tieren (insbesondere Katzen, Affen, Nager und Hunde), Fragmente davon, sowie deren Promotoren und flankierenden Sequenzen ein. Solche Moleküle können durch Verwendung der oben beschriebenen Primer leicht erhalten werden, um cDNA oder genomische Bibliotheken, die aus nicht-humanen Arten erhalten wurden, zu screenen. Verfahren zur Bildung solcher Bibliotheken sind im Stand der Technik gut bekannt. Solche Analoge können in ihrer Nukleotidsequenz von denen der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25 oder von Molekülen, die aus Sequenzen bestehen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das charakteristisch für PRL-FP111 ist, wie in 1 an den Resten 370–388 bzw. 4491–4502 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, GR/PR zu binden, wie in 1 an den 433–445 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Shear-Stress-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 446–451, 1288–1293, 3597–3602, 4771–4776 bzw. 5240–5245 dargestellt, Sequenzen, die einem Glukokortikoid-Response-Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 574–600, 1042–1056, 2444–2468, 2442–2269, 3536–3563, 4574–4593, 4595–4614, 4851–4865, 4844–4864, 5079–5084 bzw. 5083–5111 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, CBE zu binden, wie in 1 an den Resten 735–746 dargestellt, eine Sequenz, die einem Uptream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFE zu binden, wie in 1 an den Resten 774–795 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 843–854 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PRE zu binden, wie in 1 an den Resten 987–1026 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ETF-EGFR zu binden, wie in 1 an den Resten 1373–1388 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, wie in 1 an den Resten 1447–1456 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Alu zu binden, wie in 1 an den Resten 1331–1550 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, VBP zu binden, wie in 1 an den Resten 1786–1797 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Malt-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 1832–1841 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, ERE zu binden, wie in 1 an den Resten 2167–2195, 3413–3429 bzw. 3892–3896 dargestellt, einer Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-Mutagen zu binden, wie in 1 an den Resten 2329–2338 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, wie in 1 an den Resten 2403–2416 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, AP2 zu binden, wie in 1 an den Resten 2520–2535 bzw. 5170–5187 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, HSTF zu binden, wie in 1 an den Resten 2622–2635 bzw. 5105–5132 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für SBF ist, wie in 1 an den Resten 2733–2743 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 2923–2938, 4144–4157 bzw. 4887–4900 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, wie in 1 an den Resten 2936–2944 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, wie in 1 an den Resten 3285–3298 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ICS zu binden, wie in 1 an den Resten 3688–3699 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, wie in 1 an den Resten 4170–4179 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Zink zu binden, wie in 1 an den Resten 4285–4293 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für CAP/CRP-galO ist, wie in 1 an den Resten 4379–4404 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, AP1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4428–4434 bzw. 4627–4639 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRY zu binden, wie in 1 an den Resten 4625–4634 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für GC2 ist, wie in 1 an den Resten 4678–4711 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, wie in 1 an den Resten 4765–4769 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, MIR zu binden, wie in 1 an den Resten 4759–4954 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-HNF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4923–4941 dargestellt, eine Sequenz, die einem Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, wie in 1 an den Resten 5151–5156 dargestellt und eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFκB zu binden, wie in 1 an den Resten 5166–5175 dargestellt, abweichen, da eine vollständige Komplementarität für eine stabile Hybridisierung nicht notwendig ist. Die TIGR-Nukleinsäuremoleküle der vorliegenden Erfindung umfassen somit auch Moleküle, denen, obwohl sie in der Lage sind, spezifisch mit TIGR-Nukleinsäuremolekülen zu hybridisieren, eine "vollständige Komplementarität" fehlen kann.
  • Jedes einer Vielzahl von Verfahren kann verwendet werden, um die oben beschriebenen Nukleinsäuremoleküle zu erhalten (Elles, Methods in Molecular Medicine: Molecular Diagnosis of Genetic Diseases, Humana Press (1996)). SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das charakteristisch für PRL-FP111 ist, wie in 1 an den Resten 370–388 bzw. 4491–4502 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, GR/PR zu binden, wie in 1 an den 433–445 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Shear-Stress-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 446–451, 1288–1293, 3597–3602, 4771–4776 bzw. 5240–5245 dargestellt, Sequenzen, die einem Glukokortikoid-Response-Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 574–600, 1042–1056, 2444–2468, 2442–2269, 3536–3563, 4574–4593, 4595–4614, 4851–4865, 4844–4864, 5079–5084 bzw. 5083–5111 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, CBE zu binden, wie in 1 an den Resten 735–746 dargestellt, eine Sequenz, die einem Uptream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFE zu binden, wie in 1 an den Resten 774–795 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 843–854 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PRE zu binden, wie in 1 an den Resten 987–1026 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ETF-EGFR zu binden, wie in 1 an den Resten 1373–1388 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, wie in 1 an den Resten 1447–1456 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Alu zu binden, wie in 1 an den Resten 1331–1550 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, VBP zu binden, wie in 1 an den Resten 1786–1797 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Malt-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 1832–1841 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, ERE zu binden, wie in 1 an den Resten 2167–2195, 3413–3429 bzw. 3892–3896 dargestellt, einer Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-Mutagen zu binden, wie in 1 an den Resten 2329–2338 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, wie in 1 an den Resten 2403–2416 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, AP2 zu binden, wie in 1 an den Resten 2520–2535 bzw. 5170–5187 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, HSTF zu binden, wie in 1 an den Resten 2622–2635 bzw. 5105–5132 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für SBF ist, wie in 1 an den Resten 2733–2743 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 2923–2938, 4144–4157 bzw. 4887–4900 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, wie in 1 an den Resten 2936–2944 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, wie in 1 an den Resten 3285–3298 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ICS zu binden, wie in 1 an den Resten 3688–3699 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, wie in 1 an den Resten 4170–4179 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Zink zu binden, wie in 1 an den Resten 4285–4293 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für CAP/CRP-galO ist, wie in 1 an den Resten 4379–4404 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, AP1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4428–4434 bzw. 4627–4639 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRY zu binden, wie in 1 an den Resten 4625–4634 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für GC2 ist, wie in 1 an den Resten 4678–4711 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, wie in 1 an den Resten 4765–4769 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, MIR zu binden, wie in 1 an den Resten 4759–4954 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element ent spricht, das in der Lage ist, NF-HNF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4923–4941 dargestellt, eine Sequenz, die einem Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, wie in 1 an den Resten 5151–5156 dargestellt und eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFκB zu binden, wie in 1 an den Resten 5166–5175 dargestellt, können verwendet werden, um den gesamten oder einen Teil des TIGR-Promotors oder jedes der TIGR-Upstream-Motive oder Teile der TIGR-cDNA zu synthetisieren (Zamechik et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 83: 4143 (1986); Goodchild et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 85: 5507 (1988); Wickstrom et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 85: 1028; Holt, J. T. et al., Molec. Cell. Biol. 8: 963 (1988); Gerwirtz, A. M. et al., Science 242: 1303 (1988); Anfossi, G., et al., Proc. Natl Acad. Sci. (U.S.A.) 86: 3379 (1989); Becker, D., et al., EMBO J. 8: 3679 (1989)).
  • Automatisierte Nukleinsäuresynthetisierer können für diesen Zweck eingesetzt werden. Anstatt einer solchen Synthese, können die SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das charakteristisch für PRL-FP111 ist, wie in 1 an den Resten 370–388 bzw. 4491–4502 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, GR/PR zu binden, wie in 1 an den 433–445 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Shear-Stress-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 446–451, 1288–1293, 3597–3602, 4771–4776 bzw. 5240–5245 dargestellt, Sequenzen, die einem Glukokortikoid-Response-Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 574–600, 1042–1056, 2444–2468, 2442–2269, 3536–3563, 4574–4593, 4595–4614, 4851–4865, 4844–4864, 5079–5084 bzw. 5083–5111 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, CBE zu binden, wie in 1 an den Resten 735–746 dargestellt, eine Sequenz, die einem Uptream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFE zu binden, wie in 1 an den Resten 774–795 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 843–854 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PRE zu binden, wie in 1 an den Resten 987–1026 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ETF-EGFR zu binden, wie in 1 an den Resten 1373–1388 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, wie in 1 an den Resten 1447–1456 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Alu zu binden, wie in 1 an den Resten 1331–1550 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, VBP zu binden, wie in 1 an den Resten 1786–1797 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Malt-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 1832–1841 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, ERE zu binden, wie in 1 an den Resten 2167–2195, 3413–3429 bzw. 3892–3896 dargestellt, einer Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-Mutagen zu binden, wie in 1 an den Resten 2329–2338 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, wie in 1 an den Resten 2403–2416 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, AP2 zu binden, wie in 1 an den Resten 2520–2535 bzw. 5170–5187 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, HSTF zu binden, wie in 1 an den Resten 2622–2635 bzw. 5105–5132 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für SBF ist, wie in 1 an den Resten 2733–2743 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 2923–2938, 4144–4157 bzw. 4887–4900 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, wie in 1 an den Resten 2936–2944 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, wie in 1 an den Resten 3285–3298 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ICS zu binden, wie in 1 an den Resten 3688–3699 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, wie in 1 an den Resten 4170–4179 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Zink zu binden, wie in 1 an den Resten 4285–4293 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für CAP/CRP-galO ist, wie in 1 an den Resten 4379–4404 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, AP1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4428–4434 bzw. 4627–4639 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRY zu binden, wie in 1 an den Resten 4625–4634 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für GC2 ist, wie in 1 an den Resten 4678–4711 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis- Element entspricht, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, wie in 1 an den Resten 4765–4769 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, MIR zu binden, wie in 1 an den Resten 4759–4954 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-HNF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4923–4941 dargestellt, eine Sequenz, die einem Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, wie in 1 an den Resten 5151–5156 dargestellt und eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFκB zu binden, wie in 1 an den Resten 5166–5175 dargestellt, verwendet werden, um ein Paar von Primern zu definieren, die mit der Polymerasekettenreaktion verwendet werden können (Mullis, K. et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Bio 51: 263–273 (1986); Erlich H. et al., EP 50,424 ; EP 84,796 , EP 258,017 , EP 237,362 ; Mullis, K., EP 201,184 ; Mullis K. et al., US 4,683,202 ; Erlich, H., US 4,582,788 ; und Saiki, R. et al., US 4,683,194 )), um das gewünschte TIGR-Gen DNA-Molekül oder Fragment zu amplifizieren und zu erhalten.
  • Die TIGR-Promotorsequenz(en) und die TIGR-flankierenden Sequenzen können ebenfalls durch Inkubieren von Oligonukleotidsonden der TIGR-Oligonukleotide mit Mitgliedern genomischer humaner Bibliotheken und Gewinnung der Klone, die an die Sonden hybridisieren, erhalten werden. In einer zweiten Ausführungsform können Verfahren des "Chromosome walking," oder 3' oder 5' RACE verwendet werden (Frohman, M. A. et al., Proc. Natl Acad. Sci. (U.S.A.) 85: 8998–9002 (1988); Ohara, O. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 86: 5673–5677 (1989)), um solche Sequenzen zu erhalten.
  • II. Verwendung der Moleküle der Erfindung für die Diagnose und Prognose von Glaukom und verwandten Krankheiten
  • Eine besonders gewünschte Verwendung der vorliegenden Erfindung bezieht sich auf in vitro-Verfahren für die Diagnose von Glaukom, POAG, pigmentäres Glaukom, Hochdruck-Glaukom und Niederdruck-Glaukom und ihre verwandten Krankheiten. Eine andere besonders gewünschte Verwendung der vorliegenden Erfindung bezieht sich auf in vitro-Verfahren für die Prognose von Glaukom, POAG, pigmentärem Glaukom, Hochdruck-Glaukom und Niederdruck-Glaukom und ihren verwandten Krankheiten. Wie er hier verwendet wird, schließt der Ausdruck "Glaukom" sowohl primäre Glaukome, sekundäre Glaukome, Glaukome bei Jugendlichen, angeborene Glaukome und familiäre Glaukome einschließlich aber ohne Beschränkung auf pigmentäres Glaukom, Hochdruck-Glaukom und Niederdruck-Glaukom und ihre verwandten Krankheiten, ein. Wie oben dargestellt, leiden Verfahren zum Diagnostizieren oder Prognostizieren eines Glaukoms an ihrer Ungenauigkeit oder verlangen mehrfache Untersuchungen. Die Moleküle der vorliegenden Erfindung können verwendet werden, um überlegene Assays für Glaukom zu definieren. Völlig unabhängig von solch einer Verwendung, können die Moleküle der vorliegenden Erfindung für die Diagnose verwendet werden, oder um die Empfindlichkeit eines Individuums auf erhöhten intraokularen Druck nach Verabreichung von Steroiden wie beispielsweise Glukokortikoiden oder Kortikosteroiden oder entzündungshemmenden Steroiden vorherzusagen. Dexamethason, Kortisol und Prednisolon sind bevorzugte Steroide für diesen Zweck. Medizinische Zustände, wie beispielsweise Entzündung und allergische Krankheiten, sowie Organtransplantationsempfänger, profitieren von der Behandlung mit Glukokortikoiden. Bestimmte Individuen zeigen eine erhöhte Sensitivität auf solche Steroide (d. h. "Steroidsensitivität"), die sich durch eine unerwünschte Steigerung des intraokularen Druckes äußert. Die vorliegende Erfindung kann eingesetzt wer den, um solch eine Empfindlichkeit zu diagnostizieren oder vorherzusagen, genauso wie Glaukom und verwandte Krankheiten.
  • In einer ersten Ausführungsform werden die TIGR-Moleküle der vorliegenden Erfindung verwendet, um zu bestimmen, ob ein Individuum eine Mutation hat, die das Niveau (d. h. die Konzentration der TIGR-mRNA oder des Proteins in einer Probe, etc.) oder Muster (d. h. Kinetiken der Expression, Rate der Spaltung, Stabilitätsprofil, etc.) der TIGR-Expression beeinflusst (zusammen die "TIGR-Antwort" einer Zelle oder Körperflüssigkeit) (z. B. eine Mutation in dem TIGR-Gen, oder in einer regulatorischen Region(en) oder anderem Gen(en), die die Expression des TIGR kontrollieren oder beeinflussen), und vorhersagend für Individuen ist, die für ein Glaukom (Prognose), verwandte Krankheiten oder Steroidempfindlichkeit prädisponiert sind. Wie es hier verwendet wird, wird von der TIGR-Antwort, die durch eine Zelle oder Körperflüssigkeit manifestiert wird, gesagt, dass sie "geändert" ist, wenn sie von der TIGR-Antwort von Zellen oder Körperflüssigkeiten normaler Individuen abweicht. Solche Änderungen können sich entweder durch eine abnorm gesteigerte oder abnorm verminderte TIGR-Antwort zeigen. Um zu bestimmen, ob eine TIGR-Antwort geändert ist, wird die TIGR-Antwort, die von der Zelle oder Körperflüssigkeit des Patienten gezeigt wird, mit der einer ähnlichen Zellprobe (oder Körperflüssigkeitsprobe) normaler Individuen verglichen. Es wird anerkannt sein, dass es nicht notwendig ist, die TIGR-Antwort der Zellprobe (oder Körperflüssigkeitsprobe) der normalen Individuen jedes Mal neu zu bestimmen, wenn solch ein Vergleich durchgeführt wird; vielmehr kann die TIGR-Antwort eines bestimmten Individuums mit zuvor erhaltenen Werten normaler Individuen verglichen werden.
  • In einer Unterausführungsform, wird solch eine Analyse durch Bestimmen des Vorhandenseins und/oder der Identität eines Polymorphismus (Polymorphismen) in dem TIGR-Gen oder sei nen flankierenden Regionen, der mit Glaukom, oder der Prädisposition (Prognose) für ein Glaukom, verwandte Krankheiten oder Steroidempfindlichkeit assoziiert ist, durchgeführt. Wie er hier verwendet wird bezieht sich der Ausdruck "TIGR-flankierende. Regionen" auf solche Regionen, die entweder strangaufwärts („upstream") oder strangabwärts („downstream") der TIGR-kodierenden Region lokalisiert sind.
  • Jedes einer Vielzahl von Molekülen kann verwendet werden, um den/die Polymorphismus/Polymorphismen zu identifizieren. In einer Ausführungsform können SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das charakteristisch für PRL-FP111 ist, wie in 1 an den Resten 370–388 bzw. 4491–4502 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, GR/PR zu binden, wie in 1 an den 433–445 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Shear-Stress-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 446–451, 1288–1293, 3597–3602, 4771–4776 bzw. 5240–5245 dargestellt, Sequenzen, die einem Glukokortikoid-Response-Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, wie in 1 an den Resten 574–600, 1042–1056, 2444–2468, 2442–2269, 3536–3563, 4574–4593, 4595–4614, 4851–4865, 4844–4864, 5079–5084 bzw. 5083–5111 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, CBE zu binden, wie in 1 an den Resten 735–746 dargestellt, eine Sequenz, die einem Uptream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFE zu binden, wie in 1 an den Resten 774–795 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis- Element entspricht, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 843–854 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PRE zu binden, wie in 1 an den Resten 987–1026 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ETF-EGFR zu binden, wie in 1 an den Resten 1373–1388 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, wie in 1 an den Resten 1447–1456 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Alu zu binden, wie in 1 an den Resten 1331–1550 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, VBP zu binden, wie in 1 an den Resten 1786–1797 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Malt-CS zu binden, wie in 1 an den Resten 1832–1841 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, ERE zu binden, wie in 1 an den Resten 2167–2195, 3413–3429 bzw. 3892–3896 dargestellt, einer Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-Mutagen zu binden, wie in 1 an den Resten 2329–2338 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, wie in 1 an den Resten 2403–2416 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, AP2 zu binden, wie in 1 an den Resten 2520–2535 bzw. 5170–5187 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, die in der Lage sind, HSTF zu binden, wie in 1 an den Resten 2622–2635 bzw. 5105–5132 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für SBF ist, wie in 1 an den Resten 2733–2743 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis- Element entsprechen, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 2923–2938, 4144–4157 bzw. 4887–4900 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, wie in 1 an den Resten 2936–2944 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, wie in 1 an den Resten 3285–3298 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ICS zu binden, wie in 1 an den Resten 3688–3699 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, wie in 1 an den Resten 4170–4179 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, Zink zu binden, wie in 1 an den Resten 4285–4293 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für CAP/CRP-galO ist, wie in 1 an den Resten 4379–4404 dargestellt, Sequenzen, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entsprechen, das in der Lage ist, AP1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4428–4434 bzw. 4627–4639 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, SRY zu binden, wie in 1 an den Resten 4625–4634 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das charakteristisch für GC2 ist, wie in 1 an den Resten 4678–4711 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, wie in 1 an den Resten 4765–4769 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, MIR zu binden, wie in 1 an den Resten 4759–4954 dargestellt, eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NF-HNF-1 zu binden, wie in 1 an den Resten 4923–4941 dargestellt, eine Sequenz, die einem Thyroidrezeptor-Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, wie in 1 an den Resten 5151–5156 dargestellt und eine Sequenz, die einem Upstream-Motiv oder cis-Element entspricht, das in der Lage ist, NFκB zu binden, wie in 1 an den Resten 5166–5175 dargestellt (oder einer Teilsequenz davon) als Markernukleinsäuremolekül eingesetzt werden, um den/die Polymorphismus/Polymorphismen zu identifizieren.
  • Alternativ können solche Polymorphismen durch die Verwendung eines Markernukleinsäuremoleküls oder eines Markerproteins, welches genetisch mit solch einem Polymorphismus/solchen Polymorphismen verknüpft ist (d. h. ein Polynukleotid, das mit diesen co-segregiert), nachgewiesen werden. Wie oben angegeben, sind das TIGR-Gen und/oder eine Sequenz oder Sequenzen, die spezifisch an das TIGR-Gen hybridisieren, auf Chromosom 1q, 21–32 kartiert worden und mehr bevorzugt an das TIGR-Gen, das auf Chromosom 1, q21–27 lokalisiert ist, und mehr bevorzugt an das TIGR-Gen, das auf Chromosom 1, q22–26 lokalisiert ist und am meisten bevorzugt an das TIGR-Gen, das auf Chromosom 1, q24 lokalisiert ist. In einem bevorzugten Aspekt dieser Ausführungsform werden solche Markernukleinsäuremoleküle die Nukleotidsequenz eines Polynukleotids aufweisen, das genetisch eng mit solch einem Polymorphismus/solchen Polymorphismen verknüpft ist (z. B. Marker, die auf Chromosom 1, q19–25 lokalisiert sind und mehr bevorzugt Chromosom 1, q23–25 und am meisten bevorzugt Chromosom 1, q24).
  • Lokalisierungsuntersuchungen unter Verwendung einer Stanford-G3-Bestrahlungshybridplatte kartierten das TIGR-Gen mit den D1S2536-Markernukleinsäuremolekülen auf den D1S2536-Locus mit einem LOD-Wert von 6,0. Andere Markernukleinsäuremoleküle in diesem Bereich umfassen: D1S210; D1S1552; D1S2536; D1S2790; SHGC-12820; und D1S2558. Andere Polynukleotidmarker, die auf solche Orte kartieren, sind bekannt und können eingesetzt werden, um solch einen Polymorphismus/solche Polymorphismen zu identifizieren.
  • Die Genome von Tieren und Pflanzen erfahren während ihrer andauernden Evolution spontane Mutationen (Gusella, J. F., Ann. Rev. Biochem. 55: 831–854 (1986)). Ein "Polymorphismus" in dem TIGR-Gen oder seinen flankierenden Regionen ist eine Variation oder ein Unterschied in der Sequenz des TIGR-Gens oder seiner flankierenden Regionen, die in einigen Mitgliedern einer Art auftreten. Die abweichende Sequenz und die "originale" Sequenz co-existieren in der Population der Art. In einigen Fällen ist solche eine Co-Existenz im stabilen oder quasi-stabilen Gleichgewicht.
  • Ein Polymorphismus wird daher als "allelisch" bezeichnet, da als Folge der Existenz des Polymorphismus einige Mitglieder einer Art die ursprüngliche Sequenz haben können (d. h. das ursprüngliche "Allel"), wohingegen andere Mitglieder die abweichende Sequenz aufweisen können (d. h. das abweichende "Allel"). Im einfachsten Fall kann nur eine abweichende Sequenz existieren und der Polymorphismus wird dann als di-allelisch bezeichnet. In anderen Fällen kann die Population der Art multiple Allele enthalten und der Polymorphismus wird dann als tri-allelisch, etc. bezeichnet. Ein einzelnes Gen kann viele verschiedene nicht in Beziehung stehende Polymorphismen aufweisen. Zum Beispiel kann es einen di-allelischen Polymorphismus an einer Stelle haben und einen multi-allelischen Polymorphismus an einer anderen Stelle.
  • Die Abweichung, die den Polymorphismus definiert, kann von einer einzelnen Nukleotidabweichung bis zur Einfügung oder Löschung ausgedehnter Regionen innerhalb eines Gens reichen. In einigen Fällen liegen die DNA-Sequenzabweichungen in Bereichen des Genoms, die durch kurze Tandemwiederholungen ("short tandem repeats) (STRs) charakterisiert sind, welche Tandem-di- oder -tri-Nukleotid-wiederholte Motive der Nukleotide einschließen. Polymorphismen, die durch solche Tandemwiederholun gen charakterisiert sind, werden als Tandemwiederholung mit variabler Anzahl ("variable number tandem repeat") ("VNTR") Polymorphismen bezeichnet. VNTRs sind bei Identitäts- und Vaterschaftsanalysen verwendet worden (Weber, J. L., US-Patent 5,075,217 ; Armour, J. A. L. et al., FEBS Lett. 307: 113–115 (1992); Jones, L. et al., Eur. J. Haematol. 39: 144–147 (1987); Horn, G. T. et al., PCT-Anmeldung WO 91/14003 ; Jeffreys, A. J., Europäische Patentanmeldung 370,719 ; Jeffreys, A. J., US-Patent 5,175,082 ); Jeffreys, A. J. et al., Amer. J. Hum. Genet. 39: 11–24 (1986); Jeffreys, A. J. et al., Nature 316: 76–79 (1985); Gray, I. C. et al., Proc. R. Acad. Soc. Lond. 243: 241–253 (1991); Moore, S. S. et al., Genomics 10: 654–660 (1991); Jeffreys, A. J. et al., Anim. Genet. 18: 1–15 (1987); Hillel, J. et al., Anim. Genet. 20: 145–155 (1989); Hillel, J. et al., Genet. 124: 783–789 (1990)).
  • In einer alternativen Ausführungsform können solche Polymorphismen durch die Verwendung eines Markernukleinsäuremoleküls nachgewiesen werden, welches physikalisch mit solch einem Polymorphismus/solchen Polymorphismen verknüpft ist. Für diesen Zweck können Markernukleinsäuremoleküle eingesetzt werden, die eine Nukleotidsequenz eines Polynukleotids umfassen, welches innerhalb einer Megabase des Polymorphismus/der Polymorphismen, und mehr bevorzugt innerhalb 100 kB des Polymorphismus/der Polymorphismen und am meisten bevorzugt innerhalb von 10 kB des Polymorphismus/der Polymorphismen lokalisiert ist. Beispiele für solche Markernukleinsäuren werden dargestellt in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25.
  • In einer anderen Ausführungsform wird eine Markernukleinsäure verwendet werden, die in der Lage ist, spezifisch TIGRmt1, TIGRmt2, TIGRmt3, TIGRmt4, TIGRmt5, TIGRsv1 oder eine Kombination dieser Mutationen nachzuweisen. Verfahren, um Base(n)austausche, Base(n)löschungen und Base(n)hinzufügungen nachzuweisen, sind im Stand der Technik bekannt (d. h. Verfahren um ein Individuum zu genotypisieren). Zum Beispiel wird das "Genetic Bit Analysis("GBA")-Verfahren" von Goelet, P. et al., WO 92/15712 offenbart und kann für den Nachweis der einzelnen Nukleotidpolymorphismen der vorliegenden Erfindung verwendet werden. GBA ist ein Verfahren der polymorphen Stellenabfragung, bei dem die Nukleotidsequenzinformation, die die Stelle der Abweichung einer Ziel-DNA-Sequenz umgibt, verwendet wird, um einen Oligonukleotidprimer zu entwerfen, der komplementär zu der Region ist, die direkt benachbart zu dem variablen Nukleotid in der Ziel-DNA liegt, aber diese nicht einschließt. Die Ziel-DNA-Vorlage wird aus der biologischen Probe ausgewählt und an den abfragenden Primer hybridisiert. Dieser Primer wird mit einem einzelnen markierten Dideoxynukleotid unter Verwendung von DNA-Polymerase in Anwesenheit von zwei und vorzugsweise allen vier Ketten-terminierenden Nukleosidtriphosphat-Vorläufern erweitert. Cohen, D. et al., (PCT-Anmeldung WO 91/02087 ) beschreibt ein verwandtes Verfahren der Genotypisierung.
  • Andere Primer-gerichtete Nukleotideinbauverfahren zur Untersuchung polymorpher Stellen in DNA sind beschrieben worden (Komher, J. S. et al., Nucl. Acids. Res. 17: 7779–7784 (1989); Sokolov, B. P., Nucl. Acids Res. 18: 3671 (1990); Syvänen, A. C., et al., Genomics 5: 684–692 (1990); Kuppuswarny, M. N. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 88: 1143–1147 (1991), Prezant, T. R. et al., Hum. Mutat. 2: 159–164 (1992), Ugozzoli, L. et al., GATA 9: 107–112 (1992); Nyrén, P. et al., Anal. Biochem. 208: 171–175 (1993)).
  • Der Nachweis der polymorphen Stellen in einer Probe von DNA kann durch die Verwendung von Nukleinsäure-Amplifizierungsverfahren erleichtert werden. Solche Verfahren steigern spezifisch die Konzentration von Polynukleotiden, die die polymorphe Stelle umfassen, oder diese Stelle und Sequenzen, die entweder distal oder proximal dazu liegen, einschließen. Solche amplifizierten Moleküle können einfach durch Gelelektrophorese oder andere Hilfsmittel nachgewiesen werden.
  • Ein anderes bevorzugtes Verfahren, um solch eine Vervielfältigung zu erreichen, verwendet die Polymerasekettenreaktion ("PCR") (Mullis, K. et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51: 263–273 (1986); Erlich H. et al., Europäische Patentanmeldung 50,424 ; Europäische Patentanmeldung 84,796 , Europäische Patentanmeldung 258,017 , Europäische Patentanmeldung 237,362 ; Mullis, K., Europäische Patentanmeldung 201,184 ; Mullis K. et al., US-Patent Nr. 683,202 ; Erlich, H., US-Patent Nr. 4,582,788 und Saiki, R. et al., US-Patent Nr. 4,683,194 ) unter Verwendung von Primerpaaren, die in der Lage sind, an die proximalen Sequenzen zu hybridisieren, welche einen Polymorphismus in seiner doppelsträngigen Form festlegen.
  • Anstelle von PCR können alternative Verfahren wie beispielsweise "Ligasekettenreaktion" ("Ligase Chain Reaction") ("LCR") verwendet werden (Barany, F., Proc. Natl. Acad. Sci (U.S.A.) 55: 189–193 (1991)). Die LCR verwendet zwei Paare von Oligonukleotidsonden, um ein spezifisches Ziel exponentiell zu vervielfältigen. Die Sequenzen von jedem Paar der Oligonukleotide werden so ausgewählt, dass sie dem Paar erlauben, an aneinandergrenzende Sequenzen desselben Strangs des Zieles zu hybridisieren. Solch eine Hybridisierung bildet ein Substrat für eine Vorlagen-abhängige Ligase. Wie mit der PCR dienen die resultierenden Produkte als eine Vorlage in nachfolgenden Zyklen und eine exponentielle Vervielfältigung der gewünschten Sequenzen wird erhalten.
  • Die LCR kann mit Oligonukleotiden durchgeführt werden, die die proximalen und distalen Sequenzen desselben Stranges einer polymorphen Stelle haben. In einer Ausführungsform wird das Oligonukleotid entweder so gestaltet sein, dass es die tatsächliche polymorphe Stelle des Polymorphismus umfasst. In solch einer Ausführungsform werden die Reaktionsbedingungen so ausgewählt, dass die Oligonukleotide nur dann zusammen ligiert werden können, wenn das Zielmolekül das spezifische Nukleotid entweder enthält oder es fehlt, welches komplementär zu der polymorphen Stelle ist, die auf dem Oligonukleotid vorhanden ist. Alternativ können die Oligonukleotide so ausgewählt werden, dass sie die polymorphe Stelle nicht beinhalten (siehe Segev, D., PCT-Anmeldung WO 90/01069 ).
  • Der "Oligonukleotid-Ligations-Assay" ("OLA") kann alternativ eingesetzt werden (Landegren, U. et al., Science 241: 1077–1080 (1988)). Das OLA-Protokoll verwendet zwei Oligonukleotide, die so erzeugt werden, dass sie in der Lage sind, an aneinandergrenzende Sequenzen eines Einzelstrangs eines Ziels zu hybridisieren. OLA ist, wie die LCR, insbesondere für den Nachweis von Punktmutationen geeignet. Anders als die LCR führt die OLA jedoch zu einer "linearen", anstelle einer exponentiellen Vervielfältigung der Zielsequenz.
  • Nickerson, D. A. et al., haben einen Nukleinsäurenachweisassay beschrieben, der die Eigenschaften der PCR und OLA verbindet (Nickerson, D. A. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 87: 8923–8927 (1990)). In diesem Verfahren wird die PCR verwendet, um eine exponentielle Vervielfältigung der Ziel-DNA zu erreichen, welche dann unter Verwendung von OLA nachgewiesen wird. Zusätzlich zu der Anforderung mehrere und getrennte Bearbeitungsschritte aufzuweisen, ist ein Problem, das mit solchen Kombinationen verbunden ist, das, dass sie alle Probleme, die mit PCR und OLA assoziiert sind, übernehmen.
  • Systeme, die auf der Ligation von zwei (oder mehr) Oligonukleotiden in Anwesenheit der Nukleinsäure basieren, die die Sequenz der resultierenden "Di-Oligonukleotide" aufweist, und dadurch die Di-Oligonukleotide vervielfältigt, sind ebenfalls bekannt (Wu, D. Y. et al., Genomics 4: 560 (1989)) und können leicht für die Zwecke der vorliegenden Erfindung angepasst werden.
  • Andere bekannte Nukleinsäurevervielfältigungsverfahren, wie beispielsweise Allel-spezifische Oligomere, verzweigte DNA-Technologien, Transkriptions-basierte Vervielfältigungssysteme, oder isothermale Vervielfältigungsverfahren können ebenfalls verwendet werden, um solche Polymorphismen zu vervielfältigen und analysieren (Malek, L. T. et al., US-Patent 5,130,238 ; Davey, C. et al. Europäische Patentanmeldung 329,822 ; Schuster et al., US-Patent 5,169,766 ; Miller, H. I. et al., PCT-Anmeldung WO 89/06700 ; Kwoh, D. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 86: 1173 (1989); Gingeras, T. R. et al., PCT-Anmeldung WO 88/10315 ; Walker, G. T. et al., Proc. Natl Acad. Sci. (U.S.A.) 89: 392–396 (1992)). All die vorangehenden Nukleinsäurevervielfältigungsverfahren können verwendet werden, um ein Glaukom vorherzusagen oder zu diagnostizieren.
  • Die Identifizierung eines Polymorphismus in dem TIGR-Gen kann auf vielfache Weise bestimmt werden. Durch Korrelieren des Vorhandenseins oder der Abwesenheit eines Glaukoms in einem Individuum mit dem Vorhandensein oder der Abwesenheit eines Polymorphismus in dem TIGR-Gen oder seinen flankierenden Regionen ist es möglich, die Prädisposition (Prognose) eines asymptomatischen Patienten für ein Glaukom, verwandte Krankheiten oder Steroidempfindlichkeit zu diagnostizieren. Wenn ein Polymorphismus eine Restriktionsendonukleasespaltungsstelle erzeugt oder zerstört oder wenn er zum Verlust oder zur Einfügung von DNA führt (z. B. ein VNTR-Polymorphismus), wird er die Größe oder das Profil der DNA-Fragmente ändern, die durch Verdau mit der Restriktionsendonuklease erzeugt werden. Somit können Individuen, die eine abweichende Sequenz enthalten durch eine Restriktionsfragmentanalyse von solchen unterschieden werden, die die ursprüngliche Sequenz aufweisen. Polymorphismen, die auf diese Art und Weise identifiziert werden können, werden als "Restriktionsfragmentlängenpolymorphismen" ("RFLPs") bezeichnet. RFLPs sind weit verbreitet bei humanen und tierischen genetischen Analysen verwendet worden (Glassberg, J., UK-Patentanmeldung 2135774 ; Skolnick, M. H. et al., Cytogen. Cell Genet. 32: 58–67 (1982); Rotstein, D. et al., Ann. J. Hum. Genet. 32: 314–331 (1980); Fischer, S. G et al. (PCT-Anmeldung WO 90/13668 ); Uhlen, M., PCT-Anmeldung WO 90/11369 )). Die Rolle des TIGR bei der Glaukompathogenese zeigt, dass das Vorhandensein von genetischen Änderungen (z. B. DNA-Polymorphismen), welche die TIGR-Antwort beeinflussen, verwendet werden kann, um ein Glaukom vorherzusagen.
  • Ein bevorzugtes Verfahren, um solch eine Identifizierung zu erreichen, verwendet den Einzelstrang-konformativen Polymorphismus(SSCP)-Ansatz. Die SSCP-Technik ist ein Verfahren, das in der Lage ist, die meisten Sequenzabweichungen in einem Einzelstrang einer DNA zu identifizieren, typischerweise zwischen 150 und 250 Nukleotide lang (Elles, Methods in Molecular Medicine: Molecular Diagnosis of Genetic Diseases, Humana Press (1996), hier als Referenz aufgenommen); Orita et al., Genomics 5: 874–879 (1989), hier als Referenz aufgenommen). Unter denaturierenden Bedingungen wird ein Einzelstrang einer DNA eine Konformation einnehmen, die ausschließlich von ihrer Sequenz-konformation abhängt. Diese Konformation wird normalerweise unterschiedlich sein, selbst wenn nur eine einzelne Base geändert wird. Von den meisten Konformationen ist berichtet worden, dass sie die physikalische Konfiguration oder die Größe ausreichend ändern, um durch eine Gelelektrophorese nachweisbar zu sein. Eine Anzahl von Protokollen ist für SSCP be schrieben worden einschließlich, aber nicht beschränkt auf Lee et al., Anal Biochem. 205: 289–293 (1992); Suzuki et al., Anal. Biochem. 192: 82–84 (1991); Lo et al., Nucleic Acids Research 20: 1005–1009 (1992); Sarkar et al., Genomics 13: 441–443 (1992)).
  • In Übereinstimmung mit dieser Ausführungsform der Erfindung wird eine Proben-DNA aus Zellen eines Patienten erhalten. In einer bevorzugten Ausführungsform wird die DNA-Probe aus dem Blut des Patienten erhalten. Es kann jedoch jede Quelle einer DNA verwendet werden. Die DNA wird einem Restriktionsendonukleaseverdau unterzogen. TIGR wird als eine Sonde in Übereinstimmung mit den oben beschriebenen RFLP-Verfahren verwendet. Durch Vergleich des RFLP-Musters des TIGR-Gens, das aus normalen und Patienten mit Glaukom erhalten wurde, kann man die Prädisposition (Prognose) eines Patienten für ein Glaukom bestimmen. Der Polymorphismus, der in diesem Ansatz erhalten wird, kann dann kloniert werden, um die Mutation in der kodierenden Region zu identifizieren, die die Proteinstruktur ändert oder in der regulatorischen Region des Gens, welche seine Expressionslevel beeinflusst. Änderungen, die Promotorinteraktionen mit anderen regulatorischen Proteinen einschließen, können z. B. durch Gel-Shift-Assays unter Verwendung von HTM-Zellextrakten, Flüssigkeit aus der vorderen Augenkammer, Serum, etc. identifiziert werden. Interaktionen des TIGR-Proteins in glaukomatösen Zellextrakten, Flüssigkeit aus der vorderen Augenkammer, Serum, etc. kann mit Kontrollproben verglichen werden, um dadurch Änderungen in den Eigenschaften des TIGR zu identifizieren, die mit der Pathogenese eines Glaukoms in Beziehung stehen. Auf ähnliche Weise können solche Extrakte oder Flüssigkeiten genauso wie andere (Blut, etc.) verwendet werden, um eine Steroidempfindlichkeit zu diagnostizieren oder vorherzusagen.
  • Viele verschiedene Klassen von Polymorphismen können durch solche Verfahren identifiziert werden. Beispiele solcher Klassen schließen ein: (1) Polymorphismen, die in der TIGR-cDNA verschiedener Individuen vorhanden sind; (2) Polymorphismen in nicht-translatierten TIGR-Gensequenzen, einschließlich des Promotors oder anderen regulatorischer Regionen des TIGR-Gens; (3) Polymorphismen in Genen, dessen Produkte mit TIGR regulatorischen Sequenzen interagieren; (4) Polymorphismen in Gensequenzen, deren Produkte mit dem TIGR-Protein interagieren oder an die das TIGR-Protein bindet.
  • In einer alternativen Unterausführungsform wird die Evaluierung unter Verwendung von Oligonukleotid "Sonden", deren Sequenz komplementär zu der eines Teils der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4 oder SEQ ID NO: 5 ist, durchgeführt. Solche Moleküle werden dann mit Zellextrakten eines Patienten unter Bedingungen inkubiert, die ausreichen, um Nukleinsäurehybridisierung zu erlauben.
  • In einer Unterausführungsform dieses Aspektes der vorliegenden Erfindung kann man ein Glaukom, verwandte Erkrankungen und Steroidempfindlichkeit durch Bestimmen der TIGR-Antwort in einer Biopsie (oder einem Makrophagen oder einer anderen Bluttzellprobe), oder einer anderen Zellprobe, oder mehr bevorzugt in einer Probe einer Körperflüssigkeit (insbesondere Blut, Serum, Plasma, Tränen, bukkale Höhle, etc.) diagnostizieren oder vorhersagen. Da das TIGR-Gen als Antwort auf das Vorhandensein von Glukokortikoiden induziert wird, umfasst eine stark bevorzugte Ausführungsform dieses Verfahrens die Ermittlung solch einer TIGR-Antwort vor, während und/oder nach der Verabreichung eines Glukokortikoids. Somit könnte ein Glaukom beispielsweise durch Bestimmen, ob die Verabreichung eines Glukokortikoids (topisch, intraokulär, intramuskulär, systemisch oder anders verabreicht) die TIGR-Antwort eines bestimmten Individuums im Vergleich zu der von normalen Indivi duen ändert, diagnostiziert oder vorhergesagt werden. Für diesen Zweck wird am meisten bevorzugt mindestens eine "TIGR-Gen-induzierende Menge" des Glukokortikoids bereitgestellt. Wie es hier verwendet wird ist eine TIGR-Gen-induzierende Menge eines Glukokortikoids eine Menge des Glukokortikoids, die ausreicht, eine nachweisbare Induktion der TIGR-Expression in Zellen von glaukomatösen und nicht-glaukomatösen Individuen zu verursachen.
  • III. Verfahren der Verabreichung
  • Die Agenzien der vorliegenden Erfindung können gemäß bekannten Verfahren formuliert sein, um pharmakologisch geeignete Zusammensetzungen herzustellen, wobei diese Materialien oder ihre funktionalen Derivate, die den gewünschten Grad an Reinheit aufweisen, in einer Mischung mit physiologisch geeignetem Träger, Hilfsstoff, oder Stabilisator kombiniert sind. solche Materialien sind für den Empfänger bei den eingesetzten Dosierungen und Konzentrationen nicht toxisch. Die aktive Komponente solcher Zusammensetzungen können Agenzien Analoge oder Mimetika solcher Moleküle sein. Wo Nukleinsäuremoleküle eingesetzt werden, können solche Moleküle Sense-, Antisense- oder Triplex-Oligonukleotide des TIGR-Promotors, der TIGR-cDNA, eines TIGR-Introns, eines TIGR-Exons oder eines TIGR-Gens sein.
  • Eine Zusammensetzung wird als "pharmakologisch geeignet" bezeichnet, wenn ihre Verabreichung von einem Empfängerpatienten vertragen wird. Ein Agens ist physiologisch signifikant, wenn sein Vorhandensein zu einer nachweisbaren Änderung der Physiologie des empfangenden Patienten führt.
  • Geeignete Träger und ihre Formulierung, einschließlich anderer menschlicher Proteine, z. B. humanem Serumalbumin, werden z. B. in Remington's Pharmaceutical Sciences (16. Auflage), Osol, A., Hrsg., Mack, Easton PA (1980)) beschrieben.
  • Wenn die Zusammensetzung wasserlöslich ist, kann sie in einem Puffer wie beispielsweise Phosphat oder anderem organischem Säuresalz bevorzugt bei einem pH von ungefähr 7 bis 8 formuliert werden. Wenn die Zusammensetzung nur teilweise in Wasser löslich ist, kann sie als eine Mikroemulsion durch Formulierung mit einem nichtionischen Tensid wie beispielsweise Tween, Pluronics oder PEG, z. B. Tween 80 in einer Menge von beispielsweise 0,04–0,05% (w/v) hergestellt werden, um ihre Löslichkeit zu erhöhen. Der Ausdruck "wasserlöslich" wie er für die Polysaccharide und Polyethylenglykole verwendet wird, ist so zu verstehen, dass er kolloidale Lösungen und Dispersionen einschließt. Allgemein wird die Löslichkeit der Cellulosederivate durch den Grad der Substituierung von Ethergruppen bestimmt und stabilisierende Derivate, die hier nützlich sind, sollten eine ausreichende Menge solcher Ethergruppen pro anhydro-Glucoseeinheit in der Cellulosekette haben, um die Derivate wasserlöslich zu machen. Ein Grad der Ethersubstitution von mindestens 0,35 Ethergruppen pro anhydro-Glucoseeinheit ist im Allgemeinen ausreichend. Zusätzlich können die Cellulosederivate in Form von Alkalimetallsalzen z. B. den Li-, Na-, K- oder Cs-Salzen vorliegen.
  • Wahlweise können andere Bestandteile zugegeben werden, wie beispielsweise Antioxidanzien, z. B. Ascorbinsäure; Polypeptide mit niederem Molekulargewicht (weniger als ungefähr 10 Reste), z. B., Polyarginin oder Tripeptide; Proteine, wie beispielsweise Serumalbumin, Gelatine, oder Immunglobuline; hydrophile Polymere wie beispielsweise Polyvinylpyrrolidon; Aminosäuren wie beispielsweise Glycin, Glutaminsäure, Asparaginsäure oder Arginin; Monosaccharide, Disaccharide und andere Kohlenhydrate, einschließlich Cellulose oder ihre Derivate, Glucose, Mannose oder Dextrine; chelatbildende Agenzien wie EDTA; und Zuckeralkohole wie bespielweise Mannitol oder Sorbitol.
  • Zusätzliche pharmazeutische Verfahren können eingesetzt werden, um die Dauer der Anwendung zu kontrollieren. Kontrollierte oder anhaltende Abgabezubereitungen können durch die Verwendung von Polymeren erreicht werden, um das/die TIGR-Molekül/Moleküle der Zusammensetzung zu komplexieren oder absorbieren. Die kontrollierte Abgabe kann durch Auswahl geeigneter Makromoleküle (z. B. Polyester, Polyaminsäuren, Polyvinylpyrrolidon, Ethylenvinylacetat, Methylcellulose, Carboxymethylcellulose oder Protaminsulfat) ausgeübt werden und die Konzentration der Makromoleküle sowie die Verfahren der Inkorporierung, um die Freisetzung zu kontrollieren.
  • Kontinuierliche Freisetzungsformulierungen können ebenfalls hergestellt werden, und schließen die Bildung von mikrokapsulären Partikeln und implantierbaren Gegenständen ein. Zur Herstellung kontinuierlicher Freisetzungszusammensetzungen, wird/werden das/die TIGR-Molekül(e) der Zusammensetzung vorzugsweise in eine bioabbaubare Matrix oder Mikrokapsel eingebaut. Ein geeignetes Material für diesen Zweck ist ein Polylaktid, obwohl andere Polymere einer Poly-(a-Hydroxycarbonsäure) wie beispielsweise Poly-D-(–)-3-Hydroxybuttersäure ( EP 133,988A ) verwendet werden können. Andere bioabbaubare Polymere schließen Poly(laktone), Poly(orthoester), Polyaminsäuren, Hydrogele oder Poly(orthocarbonate) Poly(acetale) ein. Das polymere Material kann ebenfalls Polyester, Poly(milchsäure) oder Ethylenvinylacetat-Copolymere umfassen. Für Beispiele für kontinuierliche Freisetzungszusammensetzungen siehe US-Patent Nr. 3,773,919 , EP 58 481A, US-Patent Nr. 3,887,699 , EP 158 277A , Kanadisches Patent Nr. 1176565 , Sidman, U. et al., Biopolymers 22: 547 (1983) und Langer, R. et al., Chem. Tech. 12: 98 (1982).
  • Anstatt das/die TIGR-Molekül/Moleküle der Zusammensetzung in polymere Partikel einzubauen, ist es alternativ möglich, diese Materialien in Mikrokapseln einzuschließen, die z. B. durch Koazervierungstechniken oder durch interfaciale Polymerisation z. B. Hydroxymethylcellulose oder Gelatinemikrokapseln bzw. Poly(methylmethacylat)-Mikrokapseln oder in kolloidalen Wirkstoffabgabesystemen, z. B. Liposomen, Albuminmikrosphären, Mikroemulsionen, Nanopartikeln und Nanokapseln oder in Makroemulsionen hergestellt werden. Solche Techniken werden in Remington's Pharmaceutical Sciences (1980) offenbart.
  • In einer alternativen Ausführungsform werden Liposomformulierungen und Verfahren, die eine intrazelluläre Aufnahme des Moleküls erlauben, eingesetzt. Geeignete Verfahren sind im Stand der Technik bekannt, siehe z. B. Chicz, R. M. et al. (PCT-Anmeldung WO 94/04557 ), Jaysena, S. D. et al. (PCT-Anmeldung WO 93/12234 ), Yarosh, D. B. ( US-Patent 5,190,762 ), Callahan, M. V. et al. ( US-Patent Nr. 5,270,052 ) und Gonzalezro, RJ. ( PCT-Anmeldung 91/05771) .
  • Nachdem die Erfindung nun allgemein beschrieben worden ist, wird sie durch den Bezug auf die folgenden Beispiele leichter verständlich werden, die zur Erläuterung bereitgestellt werden aber nicht gedacht sind, die vorliegende Erfindung, sofern nicht angegeben, zu beschränken.
  • BEISPIEL 1
  • Einzelstrang-konformativer Polymorphismus
  • Ein Einzelstrang-konformatives Polymorphismus(SSCP)-Screening wird gemäß dem Verfahren von Hue et al., The Journal of Investigative Ophthalmology 105.4: 529–632 (1995), welches hier unter Bezugnahme aufgenommen wird, durchgeführt. SSCP-Primer werden entsprechend den Sequenzen konstruiert, die innerhalb des TIGR-Promotors und zwei der Exons des TIGR gefunden werden. Die folgenden Primer werden konstruiert. Vorwärtsprimer "Sk – 1a": 5'-TGA GGC TTC CTC TGG AAA C-3' (SEQ ID NO: 6); Rückwärtsprimer "ca2": 5'-TGA AAT CAG CAC ACC AGT AG-3' (SEQ ID NO: 7); Vorwärtsprimer "CA2": 5'-GCA CCC ATA CCC CAA TAA TAG-3' (SEQ ID NO: 8); Rückwärtsprimer "Pr + 1": 5'-AGA GTT CCC CAG ATT TCA CC-3' (SEQ ID NO: 9); Vorwärtsprimer "Pr – 1": 5'-ATC TGG GGA ACT CTT CTC AG-3' (SEQ ID NO: 10); Rückwärtsprimer "Pr + 2(4A2)": 5'-TAC AGT TGT TGC AGA TAC G-3' (SEQ ID NO: 11); Vorwärtsprimer "Pr – 2(4A)": 5'-ACA ACG TAT CTG CAA CAA CTG-3' (SEQ ID NO: 12); Rückwärtsprimer "Pr + 3(4A)": 5'-TCA GGC TTA ACT GCA GAA CC-3' (SEQ ID NO: 13); Vorwärtsprimer "Pr – 3(4A)": 5'-TTG GTT CTG CAG TTA AGC C-3' (SEQ ID NO: 14); Rückwärtsprimer "Pr + 2(4A1)": 5'-AGC AGC ACA AGG GCA ATC C-3' (SEQ ID NO: 15); Rückwärtsprimer "Pr + 1(4A)": 5'-ACA GGG CTA TAT TGT GGG-3' (SEQ ID NO: 16); Vorwärtsprimer "KS1X": 5'-CCT GAG ATG CCA GCT GTC C-3' (SEQ ID NO: 17); Rückwärtsprimer "SK1XX": 5'-CTG AAG CAT TAG AAG CCA AC-3' (SEQ ID NO: 18); Vorwärtsprimer "KS2a1": 5'-ACC TTG GAC CAG GCT GCC AG-3' (SEQ ID NO: 19); Rückwärtsprimer "SK3" 5'-AGG TTT GTT CGA GTT CCA G-3' (SEQ ID NO: 20); Vorwärtsprimer "KS4": 5'-ACA ATT ACT GGC AAG TAT GG-3' (SEQ ID NO: 21); Rückwärtsprimer "SK6A": 5'-CCT TCT CAG CCT TGC TAC C-3' (SEQ ID NO: 22); Vorwärtsprimer "KS5": 5'-ACA CCT CAG CAG ATG CTA CC-3' (SEQ ID NO: 23); Rückwärtsprimer "SK8": 5'-ATG GAT GAC TGA CAT GGC C-3' (SEQ ID NO: 24); Vorwärtsprimer "KS6": 5'-AAG GAT GAA CAT GGT CAC C-3' (SEQ ID NO: 25).
  • Die Positionen der Primer: Sk – 1a, ca2, CA2, Pr + 1, Pr – 1, Pr + 2(4A2), Pr – 2(4A), Pr + 3(4A), Pr – 3(4A), Pr – 3(4A), Pr + 2(4A1), und Pr + 1(4A) sind schematisch in 4 dargestellt. Die Position der Primer: KS1X, SK1XX, Ks2a1, SK3, KS4, SK6A, KS5, SK8, und KS6 sind schematisch in 5 dargestellt.
  • Familien mit einer Geschichte von POAG in Klamath Falls, Oregon sind durch SSCP gemäß dem Verfahren nach Hue et al., The Journal of Investigative Ophthalmology 105.4: 529–632 (1995), welches hier unter Bezugnahme aufgenommen wird, ge screent worden. Die SSCP-Primer Sk – 1a, ca2, CA2, Pr + 1, Pr – 2(4A), Pr + 3(4A), SK1XX, und KS6 weisen Einzelstrang-konformative Polymorphismen in dieser Population nach. Ein SSCP wird unter Verwendung der SSCP-Primer Pr + 3(4A) und Pr – 2(4A) nachgewiesen. 70 Familienmitglieder der Klamath Fall, Oregon Gruppe werden mit diesen Primern gescreent und die Ergebnisse sind in Tabelle 1 dargestellt. TABELLE 1
    Gesamt SSCP+ SSCP–
    Glaukom-positive Individuen1 12 12 0
    Glaukom-negative Individuen 13 0 13
    Ehepartner (Glaukom-negativ) 16 2 14
    Andere2 29 6 23
    • 1 = Glaukom-positive Individuen, wie durch einen IOP von mehr als 25 mm Hg bestimmt wird
    • 2 = nicht identifiziertes Glaukom als Folge des Alters des Individuums.
  • Ein zweiter SSCP wird unter Verwendung der SSCP-Primer Pr + 1 und CA2 nachgewiesen. 14 Familienmitglieder der Klamath Fall, Oregon Gruppe werden mit diesen Primern gescreent. Ein charakteristischer Polymorphismus wird in den sechs betroffenen Familienmitgliedern gefunden, aber ist in den acht nicht betroffenen Mitgliedern nicht vorhanden. Ein dritter SSCP wird unter Verwendung der SSC-Primer ca2 und sk – 1a nachgewiesen. Dieselben 14 Familienmitglieder der Klamath Fall, Oregon Gruppe, die mit Pr + 1 und CA2 gescreent werden, werden mit ca2 – und sk – 1a-Primern gescreent. Ein charakteristischer Polymorphismus wird in den sechs betroffenen Familienmitgliedern gefunden, aber ist in den acht nicht betroffenen Mitgliedern nicht vorhanden. Ein vierter SSCP wird unter Verwendung der SSCP-Primer KS6 und SK1XX nachgewiesen. 22 Familienmitglieder der Klamath Fall, Oregon Gruppe und 10 Mitglieder eines Portland, Oregon-Stammbaums werden mit diesen Primern gescreent. Ein Polymorphismus wird in Exon 3 gefunden. Die Ergebnisse sind in Tabelle 2 dargestellt. TABELLE 2
    Gesamt SSCP+ SSCP–
    Klamath Fall, Oregon
    Glaukom-positive Individuen1 3 3 0
    Glaukom-negative Individuen 6 0 6
    Andere2 13 6 7
    Portland, Oregon
    Glaukom-positive Individuen1 6 6 0
    Glaukom-negative Individuen 4 0 4
    Andere2 0 0 0
    • 1 = Glaukom-positive Individuen, wie es durch einen IOP größer als 25 mm Hg bestimmt wird
    • 2 = nicht identifiziertes Glaukom als Folge des Alters des Individuums.
  • BEISPIEL 2
  • TIGR-Homologien
  • Ein neues Myosin-ähnliches azidisches Protein, das als Myocilin bezeichnet wird, wird vorwiegend in den Photorezeptorzellen der Netzhaut exprimiert und ist insbesondere in der Wurzelfaser und dem Basalkörper der verbindenden Cilie lokalisiert (Kubota et al., Genomics 41: 360–369 (1997), hier durch Bezugnahme aufgenommen). Das Myocilingen wird auf das humane Chromosom Ig23–q24 kartiert. Die kodierende Region des Myocilin ist 100 homolog mit TIGR.
  • Homologiesuchen werden mit GCG (Genetics Computer Group, Madison, WI) durchgeführt und schließen die GenBank, EMBL, Swiss-Prot-Datenbanken und EST-Analysen ein. Unter Verwendung einer BLAST-Suche werden die besten Treffer mit einem Strang von 177 Aminosäuren in den carboxyterminalen Bereichen eines extrazellulären Schleimproteins der olfaktorischen, Olfaktomedin und drei Olfaktomedin-ähnlichen Arten, gefunden. Das Alignment, das in 6 dargestellt ist, zeigt die TIGR-Homologie (SEQ ID NO: 27) mit einer exprimierten Sequenz Tag (EST)-Sequenz aus humanem Gehirn (ymO8hl2.rl) (SEQ ID NO: 28) (The WashU-Merck EST Project, 1995); der Z-Domäne eines Olfaktomedin-verwandten Glykoproteins aus Rattengehirn (1B426bAMZ) (SEQ ID NO: 29) (Danielson et al., Journal of Neuroscience Research 38: 468–478 (1994) hier durch Bezugnahme aufgenommen) und dem Olfaktomedin aus olfaktorischem Gewebe von Ochsenfröschen (ranofm) (SEQ ID NO: 30) (Yokoe und Anholt, Proc. Natl. Acad. Sci. 90: 4655–4659 (1993), hier durch Bezugnahme aufgenommen; Snyder und Anholt, Biochemistry 30: 9143–9153 (1991), hier durch Bezugnahme aufgenommen). Diese Domänen haben sehr ähnliche Aminosäurepositionen, wie in der Konsensushomologie der 6 (SEQ ID NO: 31) gezeigt, wobei die Ausnahme der verkürzte humane Klon ist, in dem die Position bezüglich seiner Volllängensequenz nicht festgestellt wurde. Es wird keine signifikante Homologie für die Aminotermini dieser Moleküle gefunden.
  • Während die Erfindung in Zusammenhang mit spezifischen Ausführungsformen beschrieben worden ist, ist zu verstehen, dass sie für weitere Modifikationen geeignet ist und diese Anmeldung gedacht ist, jegliche Variationen, Verwendungen oder Anpassungen der Erfindung abzudecken, die im Allgemeinen den Prinzipien der Erfindung folgen und solche Abweichungen von der vorliegenden Offenbarung einschließen, wie sie mit bekannten oder gewöhnlicher Praxis innerhalb des Fachgebiets, zu dem die Erfindung gehört einschließt, und wie auf die essentiellen Merkmale hier angewendet werden kann und wie es im Bereich der anliegenden Ansprüche ist. SEQUENZPROTOKOLL
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Claims (20)

  1. In vitro-Verfahren zum Diagnostizieren oder Prognostizieren eines Glaukoms in einem Patienten, das die Schritte umfasst, bei denen man: (A) unter Bedingungen, die eine Nukleinsäurehybridisierung erlauben, ein erstes Markernukleinsäuremolekül, wobei dieses erste Markernukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz eines Polynukleotids umfasst, das spezifisch an ein Polynukleotid hybridisiert, das die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente aufweist, und ein komplementäres Nukleinsäuremolekül, das aus einer Zelle oder einer Körperflüssigkeit des Patienten erhalten wurde, inkubiert, wobei eine Nukleinsäurehybridisierung zwischen dem Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, den Nachweis eines Polymorphismus ermöglicht, dessen Vorkommen für eine Mutation vorhersagend ist, welche die TIGR-Antwort in dem Patienten beeinflusst; (B) eine Hybridisierung zwischen dem ersten Markernukleinsäuremolekül und dem komplementären Nukleinsäuremolekül, das von dem Patienten erhalten wurde, ermöglicht, und (C) das Vorkommen des Polymorphismus nachweist, wobei der Nachweis des Polymorphismus für ein Glaukom oder eine Steroidempfindlichkeit diagnostisch oder prognostisch ist.
  2. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem das Markernukleinsäuremolekül in der Lage ist, TIGRmt1, TIGRmt2, TIGRmt3, TIGRmt4, TIGRmt5 oder TIGRsv1 spezifisch nachzuweisen, wobei: TIGRmt1 den Austausch eines C durch ein G an Position 4337, TIGRmt2 den Austausch eines C durch ein T an Position 4950, TIGRmt3 die Hinzufügung der Sequenz GTGT an Position 4998, TIGRmt4 den Austausch eines A durch ein G an Position 4256, TIGRmt5 den Austausch eines G durch ein A an Position 4262, und TIGRsv1 den Austausch eines A durch ein G an Position 4406 innerhalb der SEQ ID NO: 1 darstellt.
  3. Verfahren gemäß einem der vorangehenden Ansprüche, das weiterhin ein zweites Markernukleinsäuremolekül umfasst, wobei das zweite Markernukleinsäuremolekül spezifisch an ein Polynukleotid hybridisiert, das die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente aufweist.
  4. Verfahren gemäß Anspruch 3, bei dem das erste Markernukleinsäuremolekül und das zweite Markernukleinsäuremolekül jeweils eine Sequenz umfassen, die aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15 und SEQ ID NO: 16 ausgewählt ist.
  5. Verfahren gemäß Anspruch 3 oder Anspruch 4, bei dem das erste Markernukleinsäuremolekül die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 13 umfasst und das zweite Markernukleinsäuremolekül die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 12 umfasst.
  6. Verfahren gemäß Anspruch 3 oder Anspruch 4, bei dem das erste Markernukleinsäuremolekül die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 9 umfasst und das zweite Markernukleinsäuremolekül die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 8 umfasst.
  7. Verfahren gemäß Anspruch 3 oder Anspruch 4, bei dem das erste Markernukleinsäuremolekül die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 7 umfasst und das zweite Markernukleinsäuremolekül die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 6 umfasst.
  8. Verfahren gemäß einem der vorangehenden Ansprüche, bei dem das komplementäre Nukleinsäuremolekül, das aus einer Zelle oder einer Körperflüssigkeit des Patienten erhalten wurde, unter Verwendung eines Nukleinsäureamplifikationsverfahrens amplifiziert worden ist.
  9. Nukleinsäuremolekül, das die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente umfasst.
  10. Rekombinantes DNA-Molekül, das ein Polynukleotid enthält, das spezifisch an die SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente hybridisiert.
  11. Ein im Wesentlichen aufgereinigtes Molekül, das eine Polynukleotidsequenz umfasst, die spezifisch an ein Nukleinsäuremolekül gemäß SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente bindet.
  12. Verwendung einer wirksamen Menge von Sense-, Antisense- oder Triplex-Oligonukleotiden, die in der Lage sind, an die SEQ ID NO: 1 oder deren Komplement zu binden, in der Herstellung eines Medikamentes für die Behandlung eines Glaukoms.
  13. Verwendung eines Sense-, Antisense- oder Triplex-Oligonukleotids gemäß Anspruch 12, wobei das Sense-, Antisense- oder Triplex-Oligonukleotid die Expression einer TIGR-mRNA inhibiert oder an eine DNA-Sequenz innerhalb der SEQ ID NO: 1 bindet.
  14. Ein im Wesentlichen aufgereinigtes Sense-, Antisense- oder Triplex-Oligonukleotidmolekül, das spezifisch an die Nukleotidsequenz eines cis-Elements der SEQ ID NO: 1 bindet, das aus der Gruppe bestehend aus einem cis-Element, das für PRL-FP111 charakteristisch ist, einem cis-Element, das für GR/PR charakteristisch ist, einem „shear stress response"-cis-Element, einem „glucocorticoid response"-cis-Element, einem cis-Element, das für CBE charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, NFE zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, einem cis-Element, das für PRE charakteristisch ist, einem cis-Element, das für ETF-EGFR charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, einem cis-Element, das für ein Alu-repetitives Element charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, VBP zu binden, einem cis-Element, das für Malt-CS charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, ERE zu binden, einem cis-Element, das für ein NF-Mutagen charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, AP2 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, HSTF zu binden, einem cis-Element, das für SBF charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, einem cis-Element, das für ICS charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, Zink zu binden, einem cis-Element, das für CAP/CRP-galO charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, AP1 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, SRY zu binden, einem cis-Element, das für GC2 charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, einem cis-Element, das für MIR charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, HNF-1 zu binden, einem cis-Element aus einem Thyroid-Rezeptor und einem cis-Element, das in der Lage ist, NfκB zu binden, ausgewählt ist.
  15. Verwendung eines Moleküls gemäß Anspruch 14 in der Herstellung eines Medikaments für die Behandlung eines Glaukoms.
  16. Ein im Wesentlichen aufgereinigtes Sense-, Antisense- oder Triplex-Oligonukleotidmolekül, das ein cis-Element der SEQ ID NO: 1 umfasst, das aus der Gruppe bestehend aus einem cis-Element, das für PRL-FP111 charakteristisch ist, einem cis-Element, das für GR/PR charakteristisch ist, einem „shear stress response"-cis-Element, einem „glucocorticoid response"-cis-Element, einem cis-Element, das für CBE charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, NFE zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, KTF.1-CS zu binden, einem cis-Element, das für PRE charakteristisch ist, einem cis-Element, das für ETF-EGFR charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, SRE-cFos zu binden, einem cis-Element, das für ein Alu-repetitives Element charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, VBP zu binden, einem cis-Element, das für Malt-CS charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, ERE zu binden, einem cis-Element, das für ein NF-Mutagen charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, myc-PRF zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, AP2 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, HSTF zu binden, einem cis-Element, das für SBF charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, NF-1 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, NF-MHCIIA/B zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, PEA1 zu binden, einem cis-Element, das für ICS charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, ISGF2 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, Zink zu binden, einem cis- Element, das für CAP/CRP-galO charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, AP1 zu binden, einem cis-Element, das in der Lage ist, SRY zu binden, einem cis-Element, das für GC2 charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, PEA3 zu binden, einem cis-Element, das für MIR charakteristisch ist, einem cis-Element, das in der Lage ist, HNF-1 zu binden, einem cis-Element aus einem Thyroid-Rezeptor und einem cis-Element, das in der Lage ist, NfκB zu binden, ausgewählt ist
  17. Das im Wesentlichen aufgereinigte Molekül gemäß Anspruch 11, wobei die Polynukleotidsequenz, die spezifisch an ein Nukleinsäuremolekül gemäß SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente bindet, eine Länge von 15 bis 250 Nukleotiden aufweist.
  18. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem das Polynukleotid, das spezifisch an ein Polynukleotid hybridisiert, das die Sequenz gemäß SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplemente aufweist, ein Fragment mit einer Länge von 15 bis 250 Nukleotiden aus SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplementen umfasst.
  19. Verfahren gemäß Anspruch 3, bei dem die Markernukleinsäure ein Fragment mit einer Länge von 15 bis 250 Nukleotiden aus der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 oder deren Komplementen umfasst.
  20. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1–3, 18 oder 19, bei dem der Nachweis mittels „genetic bit"-Analyse, Polymerasekettenreaktion, Ligasekettenreaktion, Oligonukleotidligationsassay, Einzelstrang-Konformationspolymorphismus-Analyse, Gelshift-Assay, Primer-geleitetem Nukleotideinbau, Sequenzierung, Oligonukleotidhybridisierungsassay oder Po lymerasekettenreaktion gefolgt von einer Sequenzierung durchgeführt wird.
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