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Gebiet der Erfindung
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Die
nach den methodischen Entwicklungen der letzten Jahre in der Molekularbiologie
gut studierten Beobachtungsebenen sind die Gene selbst, die Übersetzung
dieser Gene in RNA und die daraus entstehenden Proteine. Wann im
Laufe der Entwicklung eines Individuums welches Gen angeschaltet
wird und wie Aktivieren und Inhibieren bestimmter Gene in bestimmten
Zellen und Geweben gesteuert wird, ist mit Ausmaß und Charakter der Methylierung
der Gene bzw. des Genoms korrelierbar. Insofern äußern sich pathogene Zustände in einem
veränderten
Methylierungsmuster einzelner Gene oder des Genoms.
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Die
vorliegende Erfindung betrifft Nukleinsäuren und ein Verfahren zur
Diagnose von Erkrankungen, die mit dem genetischen und/oder epigenetischen
Parametern von Genen, die mit Apoptose assoziiert sind, und insbesondere
deren Methylierungsstatus, in Zusammenhang stehen.
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Stand der
Technik
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Während der
Embryogenese, der Gewebeerneuerung oder Metamorphose behalten multizelluläre eukaryotische
Organismen ihre Fähigkeit
bei, unerwünschte
Zellen zu beseitigen. Diese Form von programmiertem Zelltod wird "Apoptose" genannt. Die Apoptose
findet in Antwort auf eine Vielzahl von Stimuli statt, die biochemische
Signalwege auslösen
die zu einem charakteristischen Set von Prozessen führen, die
im Zelltod resultieren.
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Die
Stimuli, die Apoptose auslösen,
können
die Spiegel von essentiellen Wachstumsfaktoren, die Behandlung mit
Glucocorticoiden, Bestrahlung und die Aktivierung von bestimmten
Rezeptoren einschließen. Diese
lösen eine
Vielzahl von biochemischen Signalwegen aus. Der "klassische" Signalweg besteht aus einer Liganden-Rezeptor-Interaktion,
die die Aktivierung einer Protease auslöst. Dies führt zu der Freisetzung von Cytochrom
C aus den Mitochondrien. Dieses aktiviert im Gegenzug eine Reihe
von Proteasen, deren Wirkungen zu der Zerstörung von zellulären Strukturen
führen.
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Zum
Beispiel schließt
ein herkömmlicher
Signalweg die Aktivierung von Caspase-8 durch Oligomerisierung an
einem aktivierten Oberflächenrezeptor
ein. Caspase-8 spaltet Bid, das die Freisetzung von Cytochrom C
aus den Mitochondrien auslöst.
Das Cytochrom C bewirkt, dass Apaf-1 mit Caspase-9 oligomerisiert. Die
aktivierte Caspase-9 spaltet Procaspase-3, deren zwei Untereinheiten
dann die aktive Protease bilden. Diese spaltet verschiedene Ziele,
was zum Zelltod führt.
Zelltod durch Apoptose ist durch Prozesse gekennzeichnet, in denen
die Zelle kompakter wird, einer Blasenbildung an der Membranen auftritt,
das Chromatin kondensiert wird und die DNA fragmentiert wird.
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Die
korrekte Kontrolle von Apoptose ist möglicherweise für alle höheren Organismen
essentiell. Zum Beispiel sterben in dem Modell-Organismus C. elegans
131 der 1090 Zellen einen definierten Punkten des Lebenszyklus des
Organismus. In Wirbeltieren wurde die Wichtigkeit der Apoptose durch
die Verwendung von Knockout-Mausmodellen nachgewiesen. In Menschen
wurden Apoptose-Signalwege mit einer Vielzahl von Erkrankungen in
Zusammenhang gebracht, einschließlich neurodegenerativen Erkrankungen,
Alterung und Krebs:
- – HIV-Infektion; Badley et.
al. "Mechanisms
of HIV-associated lymphocyte apoptotis" Blood, Vol. 96; 2951-2964 (2000).
- – Bloom
Syndrom; Bischof et. al. "Selective
cleavage of BLM, the Bloom syndrome protein, during apoptotic cell
death." J Biol Chem
2001 Jan 11.
- – Cardiomyopathie;
Narula et. al. "Apoptosis
in heart failure: release of cytochrome c from mitochondria and activation
of caspase-3 in human cardiomyopathy" Proc Natl Acad Sci U S A.; 96:8144-8149
(1999).
- – Familiäre Alzheimer-Erkrankung;
Simian et. al. Presenilin-1 P264L Knock-In Mutation: Differential
Effects on Aβ Production,
Amyloid Deposition, and Neuronal Vulnerability The Journal of Neuroscience, 20(23):8717-8726
(1999).
- – Alterung;
Schindowski et. al. "Age-related
changes of apoptotic cell death in human lymphocytes." Neurobiol Aging
2000 Sep-Oct; 21(5):661-70.
- – Herpes
Simplex Virus Infektion; Perng et. al. "Virus-Induced Neuronal Apoptosis Blocked
by the Herpes Simplex Virus Latency-Associated Transcript" Science 287:1500-1503 (2000).
- – Renale
Ischämie;
Yuexian et. al. "Downregulation
of the calpain inhibitor protein calpastatin by caspases during
renal ischemia-reperfusion" Am.
J. Physiol. 279:509-517.
- – Amyotrophe
Lateralsklerose; Li et. al. "Functional
Role of Caspase-1 and Caspase-3 in an ALS Transgenic Mouse Model" Science 288 (5464);
335-339 (2000).
- – Brustkrebs;
Sierra et. al. "Bcl-2
with loss of apoptosis allows accumulation of genetic alterations:
a pathway to metastatic progression in human breast cancer." Int J Cancer. 2000
Mar 20; 89(2):142-7.
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Die
Komplexitäten
der Signalwege, die zu Apoptose führen, ermöglichen viele Mechanismen,
durch die diese umgeleitet werden können. Zusätzlich zu genomischen Mutationen
wurde die epigenetische Kontrolle von Genen mit Unterbrechungen
in Apoptose-Signalwegen in Zusammenhang gebracht. Der epigenetische Parameter,
der am besten charakterisiert wurde, DNA-Methylierung, wurde als
ein Schlüsselfaktor
bei der Resistenz von Tumoren auf Chemotherapie impliziert. Es wurde
gezeigt (Soengas et al „Inactivation
of the apoptosis effector Apaf-1 in malignant melanoma" Nature 409; 207-211;
2001), das in malignen Melanomen Unterbrechungen in dem Apoptose-Signalweg
einer Stummschaltung des Apaf-1 Gens zugeordnet werden konnten.
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Die
Identifizierung von Methylierung von Apoptosegenen als ein Faktor
bei der Tumor-Malignität öffnet die
Möglichkeit
zur Erzeugung von alternativen Verfahren zur Behandlung. Methylierungs-basierte
Therapien könnten
beträchtliche
Vorteile über
augenblickliche Verfahren der Behandlung, wie z. B. Chemotherapie,
Chirurgie und Radiotherapie haben. Sie können sogar, wie durch Soengas
et al gezeigt, ein Mittel zur Behandlung von Tumoren zur Verfügung stellen,
die gegenüber
herkömmlichen
Behandlungen resistent sind. Zusätzlich
zu der Entwicklung von Methylierungs-spezifischen Therapien haben
Experimente mit Min-Mäusen gezeigt,
daß die
Inhibierung von DNA Methylierung die Tumorinitiation unterdrücken kann
(Laird et. al. 'Suppression
of intestinal neoplasia by DNA hypomethylation' Cell 81; 197-205 1995). Weiterhin kann
die DNA-Methylierungsanalyse neue Mittel zur Tumordia gnose zur Verfügung stellen,
wie durch Rosas et. al. 'Promoter
hypermethylation patterns of p16, O6-methylguanine-DNA-methyltransferase,
and death-associated protein kinase in tumors and saliva of head
and neck cancer patients. 'Cancer
Res 2001 Feb 1; 61(3):939-42 vorgeschlagen.
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5-Methylcytosin
ist die häufigste
kovalent modifizierte Base in der DNA eukaryontischer Zellen. Sie spielt
beispielsweise eine Rolle in der Regulation der Transkription, beim
genetischen Imprinting und in der Tumorgenese. Die Identifizierung
von 5-Methylcytosin als Bestandteil genetischer Information ist
daher von erheblichem Interesse. 5-Methylcytosin-Positionen können jedoch nicht durch Sequenzierung
identifiziert werden, da 5-Methylcytosin das gleiche Basenpaarungsverhalten
aufweist wie Cytosin. Darüber
hinaus geht bei einer PCR-Amplifikation die epigenetische Information,
welche die 5-Methylcytosine tragen, vollständig verloren.
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Eine
relativ neue und die mittlerweile am häufigsten angewandte Methode
zur Untersuchung von DNA auf 5-Methylcytosin beruht auf der spezifischen
Reaktion von Bisulfit mit Cytosin, das nach anschließender alkalischer
Hydrolyse in Uracil umgewandelt wird, welches in seinem Basenpaarungsverhalten
dem Thymidin entspricht. 5-Methylcytosin wird dagegen unter diesen
Bedingungen nicht modifiziert. Damit wird die ursprüngliche
DNA so umgewandelt, dass Methylcytosin, welches ursprünglich durch
sein Hybridisierungsverhalten vom Cytosin nicht unterschieden werden
kann, jetzt durch "normale" molekularbiologische
Techniken als einzig verbliebenes Cytosin beispielsweise durch Amplifikation
und Hybridisierung oder Sequenzierung nachgewiesen werden kann.
Alle diese Techniken beruhen auf Basenpaarung, welche jetzt voll
ausgenutzt wird. Der Stand der Technik, was die Empfindlichkeit
betrifft, wird durch ein Verfahren definiert, welches die zu untersuchende
DNA in einer Agarose-Matrix
einschließt,
dadurch die Diffusion und Renaturierung der DNA (Bisulfit reagiert
nur an einzelsträngiger
DNA) verhindert und alle Fällungs-
und Reinigungsschritte durch schnelle Dialyse ersetzt (Olek A, Oswald
J, Walter J. A modified and improved method for bisulphite based
cytosine methylation analysis. Nucleic Acids Res. 1996 Dec 15; 24(24):5064-6).
Mit dieser Methode können
einzelne Zellen untersucht werden, was das Potential der Methode
veranschaulicht. Allerdings werden bisher nur einzelne Regionen
bis etwa 3000 Basenpaare Länge
untersucht, eine globale Untersuchung von Zellen auf Tausenden von
möglichen
Methylierungsanalysen ist nicht möglich. Allerdings kann auch
dieses Verfahren keine sehr klei nen Fragmente aus geringen Probenmengen
zuverlässig
analysieren. Diese gehen trotz Diffusionsschutz durch die Matrix
verloren.
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Eine Übersicht über die
weiteren bekannten Möglichkeiten,
5-Methylcytosine nachzuweisen, kann aus dem folgenden Übersichtsartikel
entnommen werden: Rein, T., DePamphilis, M. L., Zorbas, H., Nucleic
Acids Res. 1998, 26, 2255.
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Katzenellenbogen
et al, "Hypermethylation
of the DAP-kinase CpG island is a common alteration in B-cell malignancies" Blood Vol. 93 No.
12; 4347-53 beschreiben die MSP basierte Analyse der ersten 525
bp Region von der Transkriptionsstartstelle. Die Promotormethylierung
wurde in B-Zell-malignen Erkrankungen beobachtet.
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Die
Bisulfit-Technik wird bisher bis auf wenige Ausnahmen (z.B. Zeschnigk
M, Lich C, Buiting K, Doerfler W, Horsthemke B. A single-tube PCR
test for the diagnosis of Angelman and Prader-Willi syndrome based
on allelic methylation differences at the SNRPN locus. Eur J Hum
Genet. 1997 Mar-Apr; 5(2):94-8) nur in der Forschung angewendet.
Immer aber werden kurze, spezifische Stücke eines bekannten Gens nach
einer Bisulfit-Behandlung amplifiziert und entweder komplett sequenziert
(Olek A, Walter J. The pre-implantation ontogeny of the H19 methylation
imprint. Nat Genet. 1997 Nov; 17(3):275-6) oder einzelne Cytosin-Positionen durch
eine "Primer-Extension-Reaktion" (Gonzalgo ML, Jones
PA. Rapid quantitation of methylation differences at specific sites
using methylation-sensitive single nucleotide primer extension (Ms-SNuPE).
Nucleic Acids Res. 1997 Jun 15; 25(12):2529-31, WO 95/00669) oder
einen Enzymschnitt (Xiong Z, Laird PW. COBRA: a sensitive and quantitative
DNA methylation assay. Nucleic Acids Res. 1997 Jun 15; 25(12):2532-4)
nachgewiesen. Zudem ist auch der Nachweis durch Hybridisierung beschrieben
worden (Olek et al., WO 99/28498).
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Weitere
Publikationen, die sich mit der Anwendung der Bisulfit-Technik zum
Methylierungsnachweis bei einzelnen Genen befassen, sind: Grigg
G, Clark S. Sequencing 5-methylcytosine residues in genomic DNA.
Bioessays. 1994 Jun; 16(6):431-6, 431; Zeschnigk M, Schmitz B, Dittrich
B, Buiting K, Horsthemke B, Doerfler W. Imprinted segments in the
human genome: different DNA methylation patterns in the Prader-Willi/Angelman
syndrome region as determined by the genomic sequencing method.
Hum Mol Genet. 1997 Mar; 6(3):387-95; Feil R, Charlton J, Bird AP,
Walter J, Reik W. Methylation analysis on individual chromosomes: improved
protocol for bisulphite genomic sequencing. Nucleic Acids Res. 1994
Feb 25; 22(4):695-6; Martin V, Ribieras S, Song-Wang X, Rio MC,
Dante R. Genomic sequencing indicates a correlation between DNA
hypomethylation in the 5' region
of the pS2 gene and its expression in human breast cancer cell lines.
Gene. 1995 May 19; 157(1-2):261-4; WO 97/46705, WO 95/15373 und
WO 97/45560.
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Eine Übersicht über den
Stand der Technik in der Oligomer Array Herstellung läßt sich
aus einer im Januar 1999 erschienenen Sonderausgabe von Nature Genetics
(Nature Genetics Supplement, Volume 21, January 1999) und der dort
zitierten Literatur entnehmen.
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Für die Abtastung
eines immobilisierten DNA-Arrays werden vielfach fluoreszenzmarkierte
Sonden verwendet. Besonders geeignet für Fluoreszenzmarkierungen ist
das einfache Anbringen von Cy3 und Cy5 Farbstoffen am 5'-OH der jeweiligen
Sonde. Der Nachweis der Fluoreszenz der hybridisierten Sonden erfolgt beispielsweise über ein
Konfokalmikroskop. Die Farbstoffe Cy3 und Cy5 sind, neben vielen
anderen, kommerziell erhältlich.
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Matrix-assistierte
Laser Desorptions/Ionisations-Massenspektrometrie (MALDI-TOF) ist
eine sehr leistungsfähige
Entwicklung für
die Analyse von Biomolekülen
(Karas M, Hillenkamp F. Laser desorption ionization of proteins
with molecular masses exceeding 10,000 daltons. Anal Chem. 1988
Oct 15; 60(20):2299-301). Ein Analyt wird in eine lichtabsorbierende
Matrix eingebettet. Durch einen kurzen Laserpuls wird die Matrix
verdampft und das Analytmolekül
so unfragmentiert in die Gasphase befördert. Durch Stöße mit Matrixmolekülen wird
die Ionisation des Analyten erreicht. Eine angelegte Spannung beschleunigt
die Ionen in ein feldfreies Flugrohr. Auf Grund ihrer verschiedenen
Massen werden Ionen unterschiedlich stark beschleunigt. Kleinere Ionen
erreichen den Detektor früher
als größere.
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MALDI-TOF
Spektrometrie eignet sich ausgezeichnet zur Analyse von Peptiden
und Proteinen. Die Analyse von Nukleinsäuren ist etwas schwieriger
(Gut I G, Beck S. DNA and Matrix Assisted Laser Desorption Ionization
Mass Spectrometry. Cunent Innovations and Future Trends. 1995, 1;
147-57). Für
Nukleinsäuren
ist die Empfindlichkeit etwa 100 mal schlechter als für Peptide
und nimmt mit zunehmender Fragmentgröße überproportional ab. Für Nukleinsäuren, die
ein vielfach negativ geladenes Rückgrat
haben, ist der Ionisationsprozeß durch
die Matrix wesentlich ineffizienter. In der MALDI-TOF Spektrometrie
spielt die Wahl der Matrix eine eminent wichtige Rolle. Für die Desorption
von Peptiden sind einige sehr leistungsfähige Matrizes gefunden worden,
die eine sehr feine Kristallisation ergeben. Für DNA gibt es zwar mittlerweile
einige ansprechende Matrizes, jedoch wurde dadurch der Empfindlichkeitsunterschied
nicht verringert. Der Empfindlichkeitsunterschied kann verringert
werden, indem die DNA chemisch so modifiziert wird, dass sie einem
Peptid ähnlicher wird.
Phosphorothioatnukleinsäuren,
bei denen die gewöhnlichen
Phosphate des Rückgrats
durch Thiophosphate substituiert sind, lassen sich durch einfache
Alkylierungschemie in eine ladungsneutrale DNA umwandeln (Gut IG,
Beck S. A procedure for selective DNA alkylation and detection by
mass spectrometry. Nucleic Acids Res. 1995 Apr 25; 23(8):1367-73).
Die Kopplung eines "charge
tags" an diese modifizierte
DNA resultiert in der Steigerung der Empfindlichkeit um den gleichen
Betrag, wie er für
Peptide gefunden wird. Ein weiterer Vorteil von "charge tagging" ist die erhöhte Stabilität der Analyse
gegen Verunreinigungen, die den Nachweis unmodifizierter Substrate
stark erschweren.
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Genomische
DNA wird durch Standardmethoden aus DNA von Zell-, Gewebe- oder
sonstigen Versuchsproben gewonnen. Diese Standardmethodik findet
sich in Referenzen wie Fritsch und Maniatis Hrsg., Molecular Cloning:
A Laboratory Manual, 1989.
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Beschreibung
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Es
ist die Aufgabe der vorliegenden Erfindung, ein Amplifikat einer
DNA von Genen zur Verfügung
zu stellen, die mit Apoptose assoziiert sind, sowie ein Verfahren,
welches sich zur Diagnose von genetischen und epigenetischen Parametern
von Genen, die mit Apoptose assoziiert sind, eignet. Der Erfindung
liegt die Erkenntnis zugrunde, daß genetische und epigenetische
Parameter und insbesondere die Cytosin-Methylierungsmuster von Genen,
die mit Apoptose assoziiert sind, zur Diagnose von mit Apoptose
assoziierten Erkrankungen besonders eignen.
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Diese
Aufgabe wird erfindungsgemäß durch
ein Nukleinsäureamplifikat
wie in Anspruch 14 beansprucht gelöst. In der Tabelle sind nach
den aufgelisteten Gen-Bezeichnungen die jeweiligen Datenbanknummern
(Zugangsnummern) angegeben, die die dazugehörigen Gensequenzen als einmalig
definieren. GenBank am National Institute of Health wurde als die
zu Grunde liegende Datenbank unter der Internet Adresse www.ncbi.nlm.nih.gov
verwendet.
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Die
chemisch modifizierte Nukleinsäure
konnte bisher nicht in Zusammenhang mit der Ermittlung von genetischen
und epigenetische Parametern gebracht werden.
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Die
vorliegende Erfindung beschreibt weiter ein Oligonukleotid oder
Oligomer zur Detektion des Cytosin-Methylierungszustandes in chemisch
vorbehandelter DNA, enthaltend mindestens eine Basensequenz mit einer
Länge von
mindestens 13 Nukleotiden gelöst,
die an eine chemisch vorbehandelte DNA von Genen, die mit Apoptose
assoziiert sind gemäß einer
der Seq. ID No. 73 bis Seq. ID No. 74 und dazu komplementären Sequenzen
hybridisiert. Die Oligomersonden wie beschrieben stellen wichtige
und effektive Werkzeuge dar, welche die Ermittlung der genetischen
und epigenetischen Parameter von Genen, die mit Apoptose assoziiert sind,
zum ersten mal ermöglichen.
Bevorzugterweise umfaßt
die Basensequenz der Oligomere mindestens ein CpG Dinukleotid. Die
Sonden können
auch in Form einer PNA (Peptide Nucleic Acid) vorliegen, die besonders bevorzugte
Paarungseigenschaften aufweist. Besonders bevorzugt sind Oligonukleotide
wie beschrieben, bei denen das Cytosin des CpG Dinukleotids das
5.-9. Nukleotid vom 5'-Ende
des 13 mers ist, im Falle von PNA-Oligomeren ist es bevorzugt, daß das Cytosin
des CpG Dinukleotids das 4.-6. Nukleotid vom 5'-Ende des 9 mers ist.
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Die
Oligomere wie beschreiben werden normalerweise in sogenannten Sets
eingesetzt, die für
jedes der CpG Dinukleotide eine der Sequenzen der Seq. ID No. 73
bis Seq. ID No. 74 und dazu komplementären Sequenzen mindestens ein
Oligomer umfassen. Bevorzugt ist ein Set, das für jedes der CpG Dinukleotide
aus einer der Seq ID No. 73 bis Seq ID No. 74 und dazu komplementären Sequenzen
mindestens ein Oligomer umfaßt.
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Darüber hinaus
beschreibt die Erfindung ein Set von mindestens zwei Oligonukleotiden
zur Verfügung, die
als sogenannte "Primer-Oligonukleotide" zur Amplifikation
von DNA-Sequenzen
einer der Seq. ID No. 73 bis Seq. ID No. 74 und dazu komplementärer Sequenzen
davon eingesetzt werden können.
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Im
Falle der Sets von Oligonukleotiden wie beschrieben ist es bevorzugt,
daß mindestens
ein Oligonukleotid an eine Festphase gebunden ist.
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Die
vorliegende Erfindung beschreibt weiterhin einen Satz von mindestens
10 n (Oligonukleotiden und/oder PNA-Oligomeren), die zur Detektion
des Cytosin- Methylierungszustandes
in chemisch vorbehandelter genomischer DNA (Seq. ID No. 73 bis Seq.
ID No. 74 und dazu komplementären
Sequenzen) dienen. Mit diesen Sonden ist die Diagnose von genetischen
und epigenetischen Parametern von Genen, die mit Apoptose assoziiert
sind, möglich.
Das Set von Oligomeren kann auch zum Nachweis von Single Nucleotide
Polymorphismen (SNPs) in der chemisch vorbehandelten DNA von Genen,
die mit Apoptose assoziiert sind gemäß einer der Seq. ID No. 73
bis Seq. ID No. 74 und dazu komplementären Sequenzen verwendet werden.
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Erfindungsgemäß ist es
bevorzugt, daß eine
von der Erfindung zur Verfügung
gestellte Anordnung aus unterschiedlichen Oligonukleotiden und/oder
PNA-Oligomeren (ein sogenanntes "Array") ebenfalls an eine Festphase
gebunden vorliegt. Dieses Array von unterschiedlichen Oligonukleotid-
und/oder PNA-Oligomersequenzen kann dadurch gekennzeichnet sein,
dass es auf der Festphase in Form eines rechtwinkligen oder hexagonalen
Gitters angeordnet ist. Bevorzugterweise besteht die Festphasenoberfläche aus
Silizium, Glas, Polystyrol, Aluminium, Stahl, Eisen, Kupfer, Nickel,
Silber oder Gold. Möglich
sind jedoch auch Nitrocellulose sowie Kunststoffe wie zum Beispiel
Nylon, die in Form von Kugeln oder auch als Harz-Matrizes vorliegen können.
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Daher
wird weiter ein Verfahren zur Herstellung eines auf einem Trägermaterial
fixierten Arrays zur Analyse in Zusammenhang mit Apoptose assoziierten
Erkrankungen, bei dem mindestens ein Oligomer wie beschrieben an
eine feste Phase gekoppelt wird. Verfahren zur Herstellung von solchen
Arrays sind zum Beispiel aus der
US
5,744,305 mittels Festphasenchemie und photolabilen Schutzgruppen
bekannt.
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Ein
weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft die Verwendung eines
DNA-Chips zur Analyse von in Zusammenhang mit Apoptose stehenden
Erkrankungen gemäß Anspruch
17. DNA-Chips sind
zum Beispiel aus der
US 5,837,832 bekannt.
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Darüber hinaus
wird auch ein Kit beschrieben, das zum Beispiel aus einer Bisulfit
enthaltenden Reagenz, einem Satz von Primeroligonukleotiden umfassend
mindestens zwei Oligonukleotide, deren Sequenzen jeweils mindestens
einen 18 Basenpaaren langen Abschnitt der im Anhang aufgeführten Basensequenzen (Seq.
ID No. 73 bis Seq. ID No. 74 und dazu komplementären Sequenzen), Oligonukleotiden
und/oder PNA-Oligomeren sowie einer Anleitung zur Durchführung und
Auswertung des beschriebenen Verfahrens bestehen kann. Ein Kit im
Sinne wie beschrieben kann jedoch auch nur Teile der vorgenannten
Bestandteile enthalten.
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Die
Erfindung stellt weiterhin ein Verfahren zur Ermittlung von genetischen
und/oder epigenetischen Parametern, die für die Diagnose von Erkrankungen
brauchbar sind, die mit Apoptose assoziiert sind, durch Analyse
von Cytosin-Methylierungen und Single Nucleotide Polymorphismen
zur Verfügung,
das folgende Schritte umfaßt:
In
einem ersten Verfahrensschritt wird eine genomische DNA-Probe derart
chemisch behandelt, daß an
der 5'-Position
unmethylierte Cytosinbasen in Uracil, Thymin oder eine andere vom
Hybridisierungsverhalten her dem Cytosin unähnliche Base umgewandelt werden.
Dies wird im folgenden unter "chemischer
Vorbehandlung" verstanden.
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Die
zu analysierende genomische DNA wird bevorzugt aus den üblichen
Quellen für
DNA erhalten, wie Zellen oder Zellbestandteilen, zum Beispiel Zellinien,
Biopsien, Blut, Sputum, Stuhl, Urin, Gehirn-Rückenmarks-Flüssigkeit,
in Paraffin eingebettetes Gewebe, beispielsweise Gewebe von Augen,
Darm, Niere, Hirn, Herz, Prostata, Lunge, Brust oder Leber, histologische
Objektträger
oder Kombinationen davon.
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Bevorzugt
wird dazu die oben beschriebene Behandlung genomischer DNA mit Bisulfit
(Hydrogensulfit, Disulfit) und anschließender alkalischer Hydrolyse
angewendet, die zu einer Umwandlung nicht methylierter Cytosin-Nukleobasen
in Uracil oder eine andere vom Basenpaarungsverhalten her dem Cytosin
unähnliche Base
führt.
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Aus
dieser chemisch vorbehandelten genomischen DNA werden Fragmente
unter Verwendung von Sätzen
von Primer-Oligonukleotiden wie beschrieben und einer bevorzugterweise
hitzestabilen Polymerase amplifiziert. Aus statistischen und praktikablen
Erwägungen
werden bevorzugterweise mehr als zehn unterschiedliche Fragmente
amplifiziert, die 100-2000 Basenpaare lang sind. Die Amplifikation
von mehreren DNA-Abschnitten kann simultan in ein und demselben
Reaktionsgefäß durchgeführt werden. Üblicherweise wird
die Amplifikation mittels der Polymerasekettenreaktion (PCR) durchgeführt.
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Der
Satz von Primer-Oligonukleotiden umfaßt bevorzugterweise mindestens
zwei Oligonukleotide, deren Sequenzen jeweils revers komplementär oder identisch
zu einem minde stens 18 Basenpaare langen Abschnitt der im Anhang
(Seq. ID No. 73 bis Seq. ID No. 74 und dazu komplementären Sequenzen
und dazu komplementären
Sequenzen) aufgelisteten Basensequenzen sind. Die Primer-Oligonukleotide
sind vorzugsweise dadurch gekennzeichnet, daß sie kein CpG Dinukleotid
enthalten.
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Erfindungsgemäß bevorzugt
ist es, daß bei
der Amplifikation mindestens ein Primer-Oligonukleotid an eine Festphase gebunden
ist. Die unterschiedlichen Oligonukleotid und/oder PNA-Oligomersequenzen
können
auf einer ebenen Festphase in Form eines rechtwinkligen oder hexagonalen
Gitters angeordnet sein, wobei die Festphasenoberfläche bevorzugt
aus Silizium, Glas, Polystyrol, Aluminium, Stahl, Eisen, Kupfer,
Nickel, Silber oder Gold besteht, wobei auch andere Materialien,
wie Nitrocellulose oder Kunststoffe verwendet werden können.
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Die
mittels der Amplifikation erhaltenen Fragmente können eine direkt oder indirekt
nachweisbare Markierung tragen. Bevorzugt sind Markierungen in Form
von Fluoreszenzmarkierungen, Radionukliden oder ablösbaren Molekülfragmenten
mit typischer Masse, die in einem Massenspektrometer nachgewiesen
werden können,
wobei bevorzugt ist, daß die
erzeugten Fragmente zur besseren Detektierbarkeit im Massenspektrometer
eine einzelne positive oder negative Nettoladung aufweisen. Der
Nachweis kann mittels Matrix assistierter Laser Desorptions/Ionisations
Massenspektrometrie (MALDI) oder mittels Elektrospray Massenspektrometrie
(ESI) durchgeführt
und visualisiert werden.
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Die
im zweiten Verfahrensschritt erhaltenen Amplifikate werden anschließend an
einen Satz von Oligonukleotiden und/oder PNA- Sonden der oder an
ein Array hybridisiert. Die Hybridisierung erfolgt dabei auf die
unten angegebene Art und Weise. Der bei der Hybridisierung verwendete
Satz besteht bevorzugterweise aus mindestens 10 Oligonukleotid oder
PNA-Oligomer Sonden.
Die Amplifikate dienen dabei als Sonden, die an vorher an einer
Festphase gebundene Oligonukleotide hybridisieren. Die nicht hybridisierten
Fragmente werden anschließend
entfernt. Die besagten Oligonukleotide umfassen mindestens eine
Basensequenz mit einer Länge
von 13 Nukleotiden, die revers komplementär oder identisch zu einem Abschnitt
der im Anhang aufgeführten
Basensequenzen ist, der mindestens ein CpG Dinukleotid enthält. Das
Cytosin des CpG Dinukleotids ist das 5. bis 9. Nukleotid vom 5'-Ende des 13 mers
aus betrachtet. Für
jedes CpG Dinukleotid ist ein Oligonukleotid vorhanden. Die besagten
PNA-Oligomere umfassen mindestens eine Basensequenz mit einer Länge von
9 Nukleo tiden, die revers komplementär oder identisch zu einem Abschnitt
der im Anhang aufgeführten
Basensequenzen ist, der mindestens ein CpG Dinukleotid enthält. Das
Cytosin des CpG Dinukleotids ist das 4. bis 6. Nukleotid vom 5'-Ende des 9 mers
aus gesehen. Für
jedes CpG Dinukleotid ist ein Oligonukleotid vorhanden.
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Im
vierten Verfahrensschritt entfernt man die nicht hybridisierten
Amplifikate.
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Im
letzten Verfahrensschritt detektiert man die hybridisierten Amplifikate.
Dabei ist bevorzugt, daß an den
Amplifikaten angebrachte Markierungen an jeder Position der Festphase,
an der sich eine Oligonukleotidsequenz befindet, identifizierbar
sind.
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Erfindungsgemäß bevorzugt
ist es, daß die
Markierungen der Amplifikate Fluoreszenzmarkierungen, Radionuklide
oder ablösbare
Molekülfragmente
mit typischer Masse sind, die in einem Massenspektrometer nachgewiesen
werden können.
Der Nachweis der Amplifikate, Fragmente der Amplifikate oder zu
den Amplifikaten komplementäre
Sonden im Massenspektrometer ist bevorzugt, wobei man die Detektion
mittels Matrix assistierter Laser Desorptions/Ionisations Massenspektrometrie
(MALDI) oder mittels Elektrospray Massenspektrometrie (ESI) durchführen und
visualisieren kann.
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Zur
besseren Detektierbarkeit im Massenspektrometer können die
erzeugten Fragmente eine einzelne positive oder negative Nettoladung
aufweisen. Bevorzugt wird das vorgenannte Verfahren zur Ermittlung
von genetischen und/oder epigenetischen Parametern von Genen, die
mit Apoptose assoziiert sind, verwendet.
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Die
Oligomere wie beschrieben oder Arrays derselben sowie ein Kit wie
beschrieben sollen zur Diagnose einer mit Apoptose assoziierten
Krankheit durch Analyse von Methylierungsmustern von Genen, die
mit Apoptose assoziiert sind, verwendet werden. Erfindungsgemäß bevorzugt
ist die Verwendung des Verfahrens zur Diagnose bedeutender genetischer
und/oder epigenetischer Parameter innerhalb von Genen, die mit Apoptose
assoziiert sind.
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Das
erfindungsgemäße Verfahren
wird zum Beispiel der Diagnose von soliden Tumoren und Krebsarten
verwendet.
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Die
Nukleinsäuren
der Seq. ID No. 73 bis Seq. ID No. 74 und dazu komplementäre Sequenzen
können für die Diagnose
von genetischen und/oder epigenetischen Parametern von Genen, die
mit Apoptose assoziiert sind, verwendet werden.
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Auch
beschrieben wird ein Verfahren zur Herstellung eines Diagnostikums
und/oder Therapeutikums zur Diagnose von Krankheiten, die mit Apoptose
assoziiert sind durch Analyse von Methylierungsmustern von Genen,
die mit Apoptose assoziiert sind, wobei das Diagnostikum und/oder
das Therapeutikum dadurch gekennzeichnet ist, daß mindestens eine Nukleinsäure wie
beschrieben, gegebenenfalls zusammen mit geeigneten Zusatz- und
Hilfsstoffen zu dessen Herstellung verwendet wird.
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Die
vorliegende Beschreibung betrifft weiter ein Diagnostikum und/oder
Therapeutikum für
Krankheiten, die mit Apoptose assoziiert sind, durch Analyse von
Methylierungsmustern von Genen, die mit Apoptose assoziiert sind,
wobei das Diagnostikum und/oder Therapeutikum dadurch gekennzeichnet
ist, daß es
mindestens eine Nukleinsäure
wie beschrieben, gegebenenfalls zusammen mit geeigneten Zusatz-
und Hilfsstoffen enthält.
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Die
vorliegende Erfindung betrifft weiterhin die Diagnose nachteiliger
Ereignisse für
Patienten oder Individuen, bei dem die mittels der Erfindung erhaltenen
bedeutenden genetischen und/oder epigenetischen Parameter innerhalb
von Genen, die mit Apoptose assoziiert sind mit einem anderen Satz
genetischen und/oder epigenetischen Parameter verglichen werden
können
und die so erhaltenen Unterschiede als Basis für eine Diagnose und/oder Prognose
nachteiliger Ereignisse für
Patienten oder Individuen dienen.
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Unter
dem Begriff „Hybridisierung" im Sinne der vorliegenden
Erfindung ist eine Bindung unter Ausbildung einer Duplex-Struktur
eines Oligonukleotids an eine vollständig komplementäre Sequenz
im Sinne der Watson-Crick Basenpaarungen in der Proben DNA zu verstehen.
Unter „stringenten
Hybridisierungsbedingungen" sind
solche Bedingungen zu verstehen, bei denen eine Hybridisierung bei
60°C in
2,5 × SSC-Puffer,
gefolgt von mehreren Waschschritten bei 37°C in einer geringeren Pufferkonzentration
erfolgt und stabil bleibt.
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Mit
dem Begriff "funktionelle
Varianten" sind
alle DNA-Sequenzen bezeichnet, die komplementär zu einer DNA-Sequenz sind,
die unter stringenten Bedingungen mit der Referenzse quenz hybridisieren
und eine zu dem entsprechenden erfindungsgemäßen Polypeptid ähnliche
Aktivität
aufweisen.
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"Genetische Parameter" im Sinne dieser
Erfindung sind Mutationen und Polymorphismen von Genen, die mit
Apoptose assoziiert sind und zu deren Regulation weiterhin erforderlicher
Sequenzen. Insbesondere sind als Mutationen Insertionen, Deletionen,
Punktmutationen, Inversionen und Polymorphismen und besonders bevorzugt
SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) zu bezeichnen.
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„Epigenetische
Parameter" im Sinne
dieser Erfindung sind insbesondere Cytosin-Methylierungen und weitere chemische
Modifikationen von DNA-Basen von Genen, die mit Apoptose assoziiert
sind und zu deren Regulation weiterhin erforderliche Sequenzen.
Weitere epigenetische Parameter sind beispielsweise die Acetylierung
von Histonen, die jedoch mit dem beschriebenen Verfahren nicht direkt
analysiert werden kann, sondern wiederum mit der DNA-Methylierung
korreliert.
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Die
Erfindung soll nun im folgenden auf Basis der Sequenzen und Beispiele
unter bezug auf die beigefügte
Figur weiter verdeutlicht werden, ohne daß die Erfindung hierauf eingeschränkt wird.
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1
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1 zeigte
die Hybridisierung von Fluoreszenz-markierten Amplifikaten an ein
Oberflächen-gebundenes
Oligonukleotid. Probe I stammt von gesundem Gewebe und Probe II
stammt von pilocytischem Astrocytoma(Tumor)-Gewebe. Die Fluoreszenz
an einem Punkt zeigt die Hybridisierung des Amplifikats an. Die
Hybridisierung an ein CG Oligonukleotid zeigt an, daß die Methylierung
an der Cytosin-Position analysiert wird, die Hybridisierung an ein
TG Oligonukleotid zeigt an, daß keine
Methylierung an der Cytosin-Position analysiert wird.
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Sequenz ID Nos. 1 bis
74
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Sequenzen,
die ungerade Sequenznummern haben (z.B., Seq. ID No. 1, 3, 5, ...)
zeigen in jedem Fall Sequenzen der chemisch vorbehandelten genomischen
DNAs von verschiedenen Genen, die mit Apoptose assoziiert sind.
Sequenzen, die gerade Sequenznummern aufweisen (z.B., Seq. ID No.
2, 4, 6, ...) zeigen in jedem Fall Sequenzen der chemisch vorbehandelten genomischen
DNAs von verschiedenen Genen, die mit Apoptose assoziiert sind,
die komplementär
zu den voranstehenden Sequenzen sind (z.B., die komplementäre Sequenz
zu Seq. ID No. 1 ist Seq. ID No. 2, die komplementäre Sequenz
zu Seq. ID No. 3 ist Seq. ID No. 4, usw.)
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Seq ID No. 75 bis Seq.
ID No. 78
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Seq.
ID No. 75 bis Seq. ID No. 78 zeigen die Sequenzen von Oligonukleotiden,
die in Beispiel 1 verwendet werden.
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Das
folgende Beispiel betrifft ein Fragment eines Gens, das mit Apoptose
assoziiert ist, in diesem Fall "Death-associated
Protein 1" (DAPK1),
worin eine spezifische CG-Position auf ihren Methylierungsstatus
hin analysiert wird.
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Beispiel
1: Methylierungsanalyse in dem mit Apoptose assoziierten Gen DAPK1Das
folgende Beispiel betrifft ein Fragment des Gens DAPKI, worin eine
spezifische CG-Position auf ihren Methylierungsstatus hin analysiert
wird.
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Im
ersten Schritt wird eine genomische Sequenz unter Verwendung von
Bisulfit (Hydrogensulfit, Disulfit) derart behandelt, daß alle nicht
an der 5-Position der Base methylierten Cytosine so verändert werden,
daß eine
hinsichtlich dem Basenpaarungsverhalten unterschiedliche Base entsteht,
während
die in 5-Position methylierten Cytosine unverändert bleiben.
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Wird
für die
Reaktion Bisulfit verwendet, so findet an den nicht methylierten
Cytosinbasen eine Addition statt. Zudem müssen ein denaturierendes Reagenz
oder Lösungsmittel
sowie ein Radikalfänger
zugegen sein. Eine anschließende
alkalische Hydrolyse führt
dann zur Umwandlung von nicht methylierten Cytosin-Nukleobasen in
Uracil. Chemisch umgewandelte DNA (Sequence ID Nos. 73 und 74) dient
dann dazu, methylierte Cytosine nachzuweisen. Im zweiten Verfahrensschritt
verdünnt
man die behandelte DNA-Probe mit Wasser oder einer wässrigen
Lösung.
Bevorzugt wird anschließend
eine Desulfonierung der DNA (10-30 min, 90-100°C) bei alkalischem pH-Wert durchgeführt. Im
dritten Schritt des Verfahrens amplifiziert man die DNA-Probe in
einer Polymerasekettenreaktion, bevorzugt mit einer hitzebeständigen DNA-Polymerase.
Im vorliegenden Fall werden Cytosine des Gens DAPKI analysiert.
Dazu wird mit den spezifischen Primeroligonukleotiden ATTAATATTATGTAAAGTGA
(Seq. ID No. 75) und CTTACAACCATTCACCCACA (Seq. ID No. 76) ein definiertes
Fragment der Länge
465 bp amplifiziert. Dieses Amplifikat dient als Probe, die an ein
vorher an einer Festphase gebundenes Oligonukleotid unter Ausbildung
einer Duplexstruktur hybridisiert, beispielsweise GTTATATCGTGGAGGATA
(Seq. ID No. 76), wobei sich das nachzuweisende Cytosin an Position
135 des Amplifikats befindet. Der Nachweis des Hybridisierungsprodukts
beruht auf Cy3 und Cy5 fluoreszenzmarkierten Primer-Oligonukleotiden,
die für
die Amplifikation verwendet wurden. Nur wenn in der Bisulfit behandelten
DNA an dieser Stelle ein methyliertes Cytosin vorgelegen hat, kommt
es zu einer Hybridisierungsreaktion der amplifizierten DNA mit dem
Oligonukleotid. Somit kann der Methylierungsstatus des jeweiligen
zu untersuchenden Cytosins über
das Hybridisierungsprodukt abgeleitet werden.
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Um
den Methylierungsstatus der Position zu überprüfen, wird eine Probe des Amplifikats
weiterhin an ein anderes Oligonukleotid hybridisiert, das vorher
an eine feste Phase gebunden wurde. Dieses Oligonukleotid ist identisch
zu dem Oligonukleotid, das vorher benutzt wurde, um den Methylierungsstatus
der Probe zu analysieren, mit der Ausnahme der fraglichen Position.
An der zu analysierenden Position umfaßt das Oligonukleotid eine
Thymin-Base, im Gegensatz zu einer Cytosin-Base d.h. die Sequenz
GTTATATTGTGGAGGATA (Seq. ID No. 78). Daher findet die Hybridisierungsreaktion
nur statt, falls ein nicht-methyliertes Cytosin an der zu analysierenden
Positionen vorhanden ist. Das Verfahren wurde an zwei Zellproben
aus 2 Patienten durchgeführt,
wobei Probe 1 aus normalem gesunden Gewebe und Probe 2 aus einer
pilocytischem Astrocytoma Tumorprobe stammte.
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Aus
den Ergebnissen (siehe 1) kann gesehen werden, daß Probe
I ein Gemisch von sowohl methylierten und nicht-methylierten Zellen
an der Position des Amplifikats enthielt, wohingegen Probe 2 nur
methylierte Zellen an Position 135 des Amplifikats enthielt.
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Beispiel 2: Diagnose von
mit Apoptose assoziierten Erkrankungen
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Um
einen Bezug der Methylierungsmuster zu einer der mit Apoptose assoziierten
Erkrankungen herzustellen, bedarf es zunächst der Untersuchung der DNA-Methylierungsmuster
einer Gruppe von erkrankten und einer Gruppe von gesunden Personen.
Diese Untersuchungen werden zum Beispiel analog dem Beispiel 1 durchgeführt. Die
so erhaltenen Ergebnisse werden in einer Datenbank abgespeichert
und die CpG Dinukleotide identifiziert, die zwischen den beiden
Gruppen unterschiedlich methyliert sind. Dies kann durch Bestimmung
einzelner CpG Methylierungsraten erfolgen, wie dies z. B. durch
Sequenzieren relativ ungenau oder aber durch eine Methylierungs-sensitive "Primer-Extension-Reaktion" sehr genau möglich ist.
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Auch
gleichzeitige Analyse des gesamten Methylierungsstatus ist möglich, und
die Muster können
z.B. mittels Clustering-Analysen, die z.B. durch einen Rechner durchgeführt werden
können,
verglichen werden.
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Nachfolgend
ist es möglich,
untersuchte Patienten einer bestimmten Therapiegruppe zuzuordnen
und diese Patienten gezielt mit einer individualisierten Therapie
zu behandeln.
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Beispiel
2 kann zum Beispiel für
die folgenden Erkrankungen durchgeführt werden: HIV-Infektion, Bloom
Syndrom, Cardiopathie, Alterung, neurodegenerativer Erkrankungen,
Herpes simplex Virusinfektion, renaler Ischämie, Amyotropher Lateralsklerose,
soliden Tumoren und Krebsarten.
Sequenzprotokoll